| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,202,957 | G→T | 5.2% | intergenic (‑24/‑67) | ymfK ← / → ymfT | e14 prophage; putative repressor protein YmfK/e14 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator YmfT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,202,957 | 0 | G | T | 5.2% | 347.3 / 5.0 | 102 | intergenic (‑24/‑67) | ymfK/ymfT | e14 prophage; putative repressor protein YmfK/e14 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator YmfT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (52/44); new base T (2/4); total (54/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
CTCCCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAGTATCTTGAAGGTTCATTTCAATCATGTAATATGTACACCGGAGGTACATATTGTATGAAAGCGTATTGGGACTCTTTAACCAAAGAACAGCAGGGCGAGTTGGCCGGAAAAGTTGGCTCAACACCTGGCTACTTACG > NC_000913/1202810‑1203106 | ctcCCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGtt > 1:1022514/1‑150 (MQ=255)ctcCCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGtt < 1:274402/150‑1 (MQ=255)ctcCCATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGtt < 1:269001/150‑1 (MQ=255) ccATAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAg > 1:1504292/1‑150 (MQ=255) tAAACCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAAAGAAATTAAAACCATTGTAACGTTAAGGTa > 2:587867/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAACGGTACa < 2:575127/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCTTAACGGTACAAg < 1:856026/150‑1 (MQ=255) ccTGCTGGTCTGGGTTGGCTCGCGATCAATCATAGTGGCAAAGGAAGAATTCCCGCCAACACCATCTCTCAGTTTTCTGGCGTTAGACCGCCGGATGTCATGGATTGTTTTCATAACGAAATTAAAACCCTTGTACCGTTAAGGTACAAg > 1:630219/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |