Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,327,216 | A→G | 5.9% | D122G (GAT→GGT) | rluB → | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,327,216 | 0 | A | G | 5.9% | 258.5 / 4.8 | 84 | D122G (GAT→GGT) | rluB | 23S rRNA pseudouridine(2605) synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (36/43); new base G (2/3); total (38/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 |
TTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACC > NC_000913/1327067‑1327364 | ttACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGa < 1:443208/150‑1 (MQ=255) tACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGAt > 1:105500/1‑150 (MQ=255) tACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGAt > 1:731443/1‑150 (MQ=255) 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agTTCACCATCGGTGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAg > 1:448145/2‑150 (MQ=255) tCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTACTGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAAAGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCtt > 1:796155/1‑150 (MQ=255) accaccGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCtttt > 2:1013975/1‑150 (MQ=255) accaccGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCtttt < 1:1152820/150‑1 (MQ=255) accaccGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGGGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCtttt < 2:867420/150‑1 (MQ=255) ccaccGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTa > 2:1289198/1‑150 (MQ=255) gATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAAcc < 2:976883/150‑1 (MQ=255) | TTACAAACCGGAAGGTGAGTTGTGTACCCGTAACGATCCGGAAGGACGTCCAACGGTGTTTGACCGTCTGCCAAAACTGCGTGGCGCACGCTGGATTGCCGTGGGTCGCTTGGACGTTAATACCTGTGGTCTGCTGCTGTTCACCACCGATGGTGAACTGGCAAACCGTTTAATGCACCCAAGCCGTGAAGTTGAACGTGAATATGCCGTGCGTGTATTTGGTCAGGTTGACGACGCGAAACTGCGTGATTTGAGTCGTGGCGTGCAGTTGGAAGATGGTCCGGCAGCTTTTAAAACC > NC_000913/1327067‑1327364 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |