| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_000913 | 1,413,033 | G→C | 8.4% | S68C (TCC→TGC) | intR ← | Rac prophage; putative integrase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,413,033 | 0 | G | C | 8.4% | 343.7 / 18.1 | 107 | S68C (TCC→TGC) | intR | Rac prophage; putative integrase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/49); new base C (5/4); total (54/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.69e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
ATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGAA > NC_000913/1412886‑1413181 | attattattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTAGGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGaa > 2:738561/1‑149 (MQ=255) ttattattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACt > 2:871801/1‑150 (MQ=255) tattCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTgggg < 2:1344404/150‑1 (MQ=255) 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aagacgttttCCCCAGTCCAGCACTGGGG‑CAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGCCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACAt > 2:364217/7‑150 (MQ=255) agacgttttCCCCAGTCCAGCACTGGGGCAAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACAt > 2:826028/6‑150 (MQ=255) aTTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGt < 1:1235393/150‑1 (MQ=255) ttccccAGTCCAGCACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTcc > 2:222454/3‑150 (MQ=255) tGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTcc < 1:1472630/150‑1 (MQ=255) tccccAGTCCAGCACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCt > 1:1058011/2‑150 (MQ=255) tccccAGTCCAGCACT‑GGG‑AAAACGTCTTAAAAACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATAATACTGTTTGTAATCTCCCACCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTc > 2:321954/2‑150 (MQ=255) gCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCt > 2:731696/1‑150 (MQ=255) cccAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCg > 2:773419/1‑150 (MQ=255) aGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGaaa < 2:151942/150‑1 (MQ=255) ggACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGaa > 2:420482/1‑150 (MQ=255) ggACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGaa > 2:24474/1‑150 (MQ=255) | ATTATTATTCTGAGTGTTTTTAATTGTGATTTCGTTTTCTTCATTGTGTTTGTTGTTAACTCTGTCTCTTTAATTTTTGTCCAGATATCACAAAGCTCTCCGAACGTTTTTATGACTCTCGTTGTCACCATTTTTGCCCCAGTGCTGGACTGGGG‑AAAACGTCTTAAATACTCAAATTCACCGGAGTTTATTTCATGAACTATCAGCGCTCTTAAATTTCCGGCCTTTTTAATATTACTGTTTGTAATCTCCCAGCCTTTTAATGTTTCCCGACATCGTTTTCCTCGAAACATGAA > NC_000913/1412886‑1413181 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |