| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,471,095 | G→C | 7.7% | pseudogene (577/3495 nt) | ydbA → | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,471,095 | 0 | G | C | 7.7% | 234.4 / 7.7 | 74 | pseudogene (577/3495 nt) | ydbA | putative outer membrane protein, N‑terminal fragment |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (32/36); new base C (3/3); total (35/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
CGAGATATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTT > NC_000913/1470948‑1471241 | cGAGATATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGcc < 1:1096047/150‑1 (MQ=255)cGAGATATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCAGCGCAGGTATGGCGGcc < 1:366018/150‑1 (MQ=255) tataGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATgg > 2:494843/1‑150 (MQ=255) gctagcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGcc > 1:1307097/1‑150 (MQ=255) gctagcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGcc < 2:1095505/150‑1 (MQ=255) agcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTACCCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGc > 2:540324/1‑150 (MQ=255) gcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCa < 1:1075086/150‑1 (MQ=255) gcAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCa > 1:1352308/1‑150 (MQ=255) 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cTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATg < 1:1398739/150‑1 (MQ=255) tAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTaa > 1:1038838/1‑150 (MQ=255) gTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATgg < 1:376756/145‑1 (MQ=255) gTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATgg > 2:376756/1‑145 (MQ=255) ttATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTa < 1:294149/150‑1 (MQ=255) 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gAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGgc < 1:1419143/150‑1 (MQ=255) gAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGgc > 1:381231/1‑150 (MQ=255) gAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGgc < 1:803244/150‑1 (MQ=255) tGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCaaa > 2:275671/1‑150 (MQ=255) gCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAAt < 2:1439246/150‑1 (MQ=255) 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cAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGACGGCGCAGGTATCGCGCCCTATCGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACATCGAAAAAAATGGTAATTATGAATATAGTCTGGCAGCAAATACTATGGTAGGGATg > 2:364214/1‑150 (MQ=255) aaTTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATgg < 1:1325092/150‑1 (MQ=255) aaTTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATgg > 1:812038/1‑150 (MQ=255) aatGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAATAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGc < 1:1359244/148‑1 (MQ=255) gggCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGt > 1:273358/1‑150 (MQ=255) ggCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGtt < 2:1352308/150‑1 (MQ=255) gtTATAACTATTTATACCGCGGGCGCTGGTAGGGCGGCCTATGGCGCACTAAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTACCCTCTAAAAAATTGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGTTAGGGCTGGCTTTTTATGAg < 2:300041/150‑1 (MQ=255) taACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATg < 2:696660/150‑1 (MQ=255) tATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTAc > 2:616980/1‑150 (MQ=255) aTTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACt > 1:618306/1‑150 (MQ=255) 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2:900224/1‑137 (MQ=255) aaCGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATc > 1:449061/1‑150 (MQ=255) cGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTATCCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCaa > 2:661363/1‑150 (MQ=255) gCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAAc < 1:494843/150‑1 (MQ=255) attgctGGCGCCATAGGCCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGAc > 1:641264/6‑150 (MQ=255) gTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACgg < 2:1195342/150‑1 (MQ=255) gTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACgg > 2:532866/1‑150 (MQ=255) gTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACgg > 1:1206997/1‑150 (MQ=255) gctGGCGCCATAGGCCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCGATCAACGACCAGACggg > 1:1136936/3‑150 (MQ=255) aTGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGgt < 2:14074/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGgtg < 1:1180433/150‑1 (MQ=255) gcggaCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGtt > 2:1002671/1‑150 (MQ=255) | CGAGATATAGCTAGCAACAGCGCCATTGACTTCGGTACAGGTGTGGGAGTTGGTACTGATAGTTATAGTGGTGCAGGGAAAAATGCAACAGCAATTAACCAATTGGGCGGTGTTATAACTATTTATAACGCCGGCGCAGGTATGGCGGCCTATGGCGCCAGCAATACAGTTATTAACCAGGGGACGATTAACCTCGAAAAAAATGGTAATTATGACGATAGTCTGGCAGCAAATACTCTGGTAGGGATGGCTGTTTATGAGCATGGTACTGCTATCAACGACCAGACGGGTGTT > NC_000913/1470948‑1471241 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |