Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 1,534,898 | A→T | 6.1% | intergenic (+29/+67) | nhoA → / ← yddE | arylamine N‑acetyltransferase/PF02567 family protein YddE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,534,898 | 0 | A | T | 6.1% | 316.7 / 7.6 | 99 | intergenic (+29/+67) | nhoA/yddE | arylamine N‑acetyltransferase/PF02567 family protein YddE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/45); new base T (2/4); total (50/49) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.78e-01 |
TGCTGTGATGCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGCATACATTAGCCCGGTTGTAGACCTGACAGGCGAAGCGCATCAGACAACGGTTTCAGAGTTCAATTGCCCATTCGGCATGAAACAAAATCACCGCTGTGCCTGAAATGGTGACTTTTTCCGGTTGGTTATCACGAA > NC_000913/1534752‑1535047 | tGCTGTGATGCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACg < 2:974299/150‑1 (MQ=255) cTGTGATGCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACCTGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc < 1:1284692/150‑1 (MQ=255) cTGTGATGCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGcc > 1:1016293/1‑150 (MQ=255) gATGCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTAt > 2:587731/1‑150 (MQ=255) tGCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATcc > 1:591386/1‑150 (MQ=255) gCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCg > 2:487135/1‑150 (MQ=255) gCAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCg < 2:871538/150‑1 (MQ=255) cAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgg > 2:716961/1‑150 (MQ=255) cAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgg > 2:1152722/1‑150 (MQ=255) cAAGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCgg > 2:398719/1‑150 (MQ=255) aaGAGCAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc > 1:843573/1‑150 (MQ=255) aaGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATGCGGCGTAAACGCCTTATCCGGc < 1:398719/150‑1 (MQ=255) aaGAACAGTTTGGTCTGGGCGTGGATGATGCGAAACATGGCTTTACCGTGGATGAGTTAGCGCTGGTGATGGCGGCGTTTGATACGCACCCGGAGGCGGGAAAATAATTTATGTCAGGTTGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGc < 2:792148/150‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |