| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,598,529 | A→T | 5.4% | intergenic (‑443/+88) | yneO ← / ← lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,598,529 | 0 | A | T | 5.4% | 479.7 / 11.6 | 148 | intergenic (‑443/+88) | yneO/lsrK | AIDA‑I family autotransporter YneO/autoinducer‑2 kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (50/90); new base T (2/6); total (52/96) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
GAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTG > NC_000913/1598380‑1598676 | gAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTa < 2:1418572/150‑1 (MQ=255) aGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAAc > 1:918986/1‑150 (MQ=255) ttttATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACa < 2:169972/149‑1 (MQ=255) 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ggAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACgtcgtc < 2:1352103/150‑1 (MQ=255) aaCGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAg > 1:167993/1‑150 (MQ=255) taaTCTGCAAGCTGGCTTTTAAAAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATg < 2:1313681/149‑1 (MQ=255) gAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCCGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATg < 1:179233/150‑1 (MQ=255) gAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATg < 1:1514054/150‑1 (MQ=255) aTCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGAt < 1:717147/150‑1 (MQ=255) gcTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAACAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATc < 1:926836/149‑1 (MQ=255) tttagaGCTGGCTTGTTAAAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCa > 1:574928/6‑150 (MQ=255) cTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCa < 2:1462662/150‑1 (MQ=255) gCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAAc > 1:553641/1‑150 (MQ=255) aaGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCa > 1:760235/1‑150 (MQ=255) gCTGGCTTGTTAAAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGc > 1:1369854/1‑150 (MQ=255) ggCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGcccc < 1:398811/150‑1 (MQ=255) gCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCa < 1:1009338/150‑1 (MQ=255) cTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAg > 1:1496911/1‑150 (MQ=255) tttAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCt < 1:1148642/150‑1 (MQ=255) tttAACAAGCCAGCTCGAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCt < 2:995936/150‑1 (MQ=255) | GAAGTTTATTAAACCCCTTTTGCATCCATTAGTGTCTTTAGGAATATTCGCTATAAAATAAGGGTTGTGCTTAATGCTTTAAGAAAAATAGCAATTTTCCCTTGAATATCGTACTGGTGATGGAACGATGAATCTGCAAGCTGGCTTTTAACAAGCCAGCTCTAAAAGAAGGGAAATAAGAATAACTATACTCAAAAACTAACAGCCACGGTCATCATGA‑TGTGGCTGTCAATGAAACTATAACCCAGGCGCTTTCCATAACGACGTCGTCAGTCCATGATCAACCAGCCCCAGCTG > NC_000913/1598380‑1598676 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |