| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,620,227 | 0 | C | G | 5.8% | 293.8 / 6.6 | 86 | intergenic (+20/+11) | marB/eamA | multiple antibiotic resistance protein/cysteine/O‑acetylserine exporter EamA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/45); new base G (2/3); total (38/48) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
TCTTGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCT > NC_000913/1620079‑1620376 | tcttGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACAtct > 1:723198/1‑150 (MQ=255) cttGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACAtctc > 2:848351/1‑150 (MQ=255) cttGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACAtctc > 2:649862/1‑150 (MQ=255) 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agCCCCGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCAc > 1:1259923/2‑150 (MQ=255) cccGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTCCGCCACCGCAAGCCCAATACATTGATATCCAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCCCCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTg > 2:1099753/1‑150 (MQ=255) cccGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTg < 1:1221687/150‑1 (MQ=255) cGAGATGTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGcc < 2:1259923/150‑1 (MQ=255) cGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGcc < 1:956992/150‑1 (MQ=255) tctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCGTAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTcc > 1:470501/1‑150 (MQ=255) tctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGACAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTcc < 2:249560/150‑1 (MQ=255) ctcGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCct > 1:1395081/1‑150 (MQ=255) | TCTTGTGCCAATGTCGTGGTTGTTCCCCCATCGCAGGAACACCCACCGTTTGATTTAAATCACATGGGTACTGGCAGTGATAAGTCGGATGCGCTCGGCGTGCCCTATTATAATCAACACGCTATGTAGTTTGTTCTGGCCCCGACATCTCGGGGCTTATTAACTTCCCACCTTTACCGCTTTACGCCACCGCAAGCCAAATACATTGATATACAGCCCGGTCATAATGAGCACCGCACCTAAAAATTGCAGACCCGTTAAGCGTTCATCCAACAATAGTGCCGCACTTGCCAGTCCT > NC_000913/1620079‑1620376 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |