| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,821,244 | A→T | 5.8% | intergenic (‑30/+55) | chbC ← / ← chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIC component/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,821,244 | 0 | A | T | 5.8% | 355.9 / 7.4 | 112 | intergenic (‑30/+55) | chbC/chbB | N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIC component/N,N'‑diacetylchitobiose‑specific PTS enzyme IIB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (48/57); new base T (5/2); total (53/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |