Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,986,356 | A→T | 5.7% | intergenic (‑228/‑569) | araF ← / → ftnB | arabinose ABC transporter periplasmic binding protein/putative ferritin‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,986,356 | 0 | A | T | 5.7% | 401.2 / 9.6 | 123 | intergenic (‑228/‑569) | araF/ftnB | arabinose ABC transporter periplasmic binding protein/putative ferritin‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (60/56); new base T (4/3); total (64/59) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.68e-01 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
TTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGTAATAACCGC > NC_000913/1986207‑1986505 | tACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAg < 1:958247/150‑1 (MQ=255) tACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAg > 1:380611/1‑150 (MQ=255) aCCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAGa > 2:1096723/1‑150 (MQ=255) 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ccAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGgtg < 2:484035/150‑1 (MQ=255) cAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGgtgt < 1:969370/150‑1 (MQ=255) cAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCAGGAAATCCTAGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTAAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCGCGCGTTGAGTATTTGAAATGgtgt > 2:615287/1‑150 (MQ=255) aaTTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGta > 1:695675/1‑150 (MQ=255) aaTTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGta > 2:924971/1‑150 (MQ=255) 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aGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGTAATAACCGc > 2:96293/1‑150 (MQ=255) | TTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGTAATAACCGC > NC_000913/1986207‑1986505 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |