| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,044,721 | G→A | 5.6% | intergenic (+97/‑217) | asnT → / → yeeJ | tRNA‑Asn/inverse autotransporter adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,044,721 | 0 | G | A | 5.6% | 340.7 / 6.2 | 106 | intergenic (+97/‑217) | asnT/yeeJ | tRNA‑Asn/inverse autotransporter adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/56); new base A (3/3); total (47/59) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
GGCGGACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCATATTGCTATC > NC_000913/2044574‑2044870 | ggcggACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGAc > 2:1120934/1‑150 (MQ=255) gACTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCttt > 1:581136/1‑150 (MQ=255) aCTGTTAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTa < 2:323898/150‑1 (MQ=255) 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ttAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGt < 2:1308734/150‑1 (MQ=255) tAATCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGtt > 2:846819/1‑150 (MQ=255) tCCGTATGTGACTGGTTCGAGTCCTGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAATATTCGCTTTTTTAGCGCTATGTCTCTGACCTTAGTTGAACATTGTTGTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTTAGCGCCCTCGACCTTTCTGGTTGAg < 1:1007249/150‑1 (MQ=255) tCCGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAg < 1:197256/150‑1 (MQ=255) cGTATGTCACTGGTTCGAGTCCAGTCAGAGGAGCCAAATTCTAAAAATTCGCTTTTTTAGCGCAATGTCACTGACCTTAGTTGAACATTGTTTTTTAACGGATAGCGGGTTTTTAACATCTTAAACGCCCTCAACCATAAAGGTCGAggg < 1:834523/150‑1 (MQ=38) 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ttAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAAt < 1:1100689/150‑1 (MQ=255) ttAAGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAAt < 1:487198/150‑1 (MQ=255) aaGCGCCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCa > 1:319329/1‑150 (MQ=255) gcgcCCTCGACCTTTATGGTTGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCata > 2:422692/1‑150 (MQ=255) cgcCCTCAACCATAAAGGTCGAGGGCGTTTTGCTATGAACGCCATCACCATTTTCCCCTCGATTATAAAACTTGAGTTATTCAGTAGTCTCCCCTCTTGCAACTCACACCCAAAACTGCCTAACGAAAAGTTATTAATTTTCAATCatat > 2:1360370/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |