| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 238,146 | T→C | 9.8% | intergenic (+26/+111) | yafT → / ← ykfM | lipoprotein YafT/uncharacterized protein YkfM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 238,146 | 0 | T | C | 9.8% | 461.3 / 31.5 | 163 | intergenic (+26/+111) | yafT/ykfM | lipoprotein YafT/uncharacterized protein YkfM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (94/53); new base C (13/3); total (107/56) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 168 total aligned reads displayed.
GCTTCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCTGGCGGCAATAATACAAAATTCTT‑TGCATAAGAAATTTTTCTTGACAAAGACAGTGCAAGAAAGGACATGGAATCCGGAGTTAAAAACTGTTTGTTTTAGAATATTTAATTATTTAACTGCTGAATCTTCCTTGCGAGAAATATATC > NC_000913/237997‑238294 | gCTTCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAAttt > 1:287788/1‑150 (MQ=255) cTTCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTc > 1:544148/1‑150 (MQ=255) ttCCACCATTGCCCGACAAGAATGAAGCCAGTACGACTGATATGACAGAGCAGCAAATCATGCAACTTAAGCAAAAGACCTATAAAGCGATGGTAAAAGATTTGGTTAACCGCTATCAATAATAAATTATATCTGCCGCCAGGAATTTCt < 2:537086/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |