| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,128,795 | A→C | 7.6% | F32V (TTT→GTT) | wcaF ← | putative acyl transferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,128,795 | 0 | A | C | 7.6% | 282.8 / 13.8 | 92 | F32V (TTT→GTT) | wcaF | putative acyl transferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (43/42); new base C (2/5); total (45/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.16e-01 | |||||||||||
GCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGT > NC_000913/2128646‑2128942 | gCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCaaa > 2:149947/1‑150 (MQ=255) ccGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAat > 2:831709/1‑150 (MQ=255) cACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATAttgtt < 2:82383/150‑1 (MQ=255) gcgTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGGTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGcc < 1:594169/150‑1 (MQ=255) cgTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCt > 1:1453582/1‑150 (MQ=255) gTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTg < 1:910453/150‑1 (MQ=255) tAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAACAATATTTGCCTgg < 2:644596/150‑2 (MQ=255) aaTCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAACAATATTTGCCTggt < 1:189973/150‑3 (MQ=255) aaTCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAACAATATTTGCCTggt < 1:593670/150‑3 (MQ=255) aTCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAACAATATTTGCCTggtc < 1:161156/150‑4 (MQ=255) aTCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGGGGCGACCAGGCAACAATATTTGCCTggtc < 2:1256589/150‑4 (MQ=255) tCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACt > 2:789807/1‑150 (MQ=255) tCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACt < 2:762586/150‑1 (MQ=255) 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cACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACt < 2:1401922/150‑1 (MQ=255) cACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACt > 2:305558/1‑150 (MQ=255) aCGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACtt > 1:194159/1‑150 (MQ=255) cGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACttt < 1:162761/150‑1 (MQ=255) ggATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTa < 1:290345/150‑1 (MQ=255) 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ggCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgt < 1:1126724/150‑1 (MQ=255) aaaTATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCTCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtagt < 2:664278/150‑1 (MQ=255) aaaTATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGgtagt > 2:387305/1‑150 (MQ=255) | GCCGACCCACGCGTAATCACCTAAGGTTAATTTCCACGGATAGGTAATTTTTACTGACGGACGAATAACTACGTTTTTTCCTATTTTTGCTCCGAATAAACGTAATAAAAAAGCCCGCCAGCGATACAATACTTGTGGCGACCAGGCAAATATTGTTGCCTGTACTGCCCACCATAATTGCACTTTAATAGCGTTGCCGCCCCGGAACCCTTTCGGCACCGAGAAACCGCTTAAATCTTGCATTGGTTTTCCTTATATTCAGACTTTGTTATATAAGGCTTTCGTCTTTGAGGTAGT > NC_000913/2128646‑2128942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |