| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,291,580 | G→T | 5.3% | L277L (CTC→CTA) ‡ | ccmH ← | holocytochrome c synthetase ‑ thiol:disulfide oxidoreductase CcmH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,291,580 | 0 | G | T | 5.3% | 320.3 / 3.7 | 94 | L277L (CTC→CTA) ‡ | ccmH | holocytochrome c synthetase ‑ thiol:disulfide oxidoreductase CcmH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/41); new base T (2/3); total (50/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.79e-01 | |||||||||||
CAGGTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGCCAACGCGGCCC > NC_000913/2291438‑2291727 | cAGGTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGt > 2:1485712/1‑150 (MQ=255)cAGGTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGt > 1:99488/1‑150 (MQ=255)cAGGTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGt < 1:45201/150‑1 (MQ=255) ggTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCCCGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTg < 2:173157/150‑1 (MQ=255) ggTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTg > 1:1352630/1‑150 (MQ=255) ggTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTg < 1:726150/150‑1 (MQ=255) tAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCTCGGCGGtgaac < 2:1419568/150‑5 (MQ=255) agagTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCTAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGt < 1:1038311/150‑1 (MQ=255) gagTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCTCGGCGGtgaactgc < 1:427795/150‑8 (MQ=255) 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ttCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGa > 2:1366134/1‑150 (MQ=255) tCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTTCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGAt < 2:355881/150‑1 (MQ=255) tCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGATGTCGTTGGGAt > 1:393389/1‑150 (MQ=255) cAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATc < 2:1537471/150‑1 (MQ=255) cAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATc > 1:256008/1‑150 (MQ=255) 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tAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATACATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCAt > 1:891906/1‑150 (MQ=255) aGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATg < 1:1101628/150‑1 (MQ=255) gCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGc < 1:137043/150‑1 (MQ=255) cAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGcc > 2:99111/1‑150 (MQ=255) cAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGcc < 2:1352630/150‑1 (MQ=255) 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gccgAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGCCAACGCGGcc < 1:1485712/150‑1 (MQ=255) gccgAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGCCAACGCGGcc > 1:329834/1‑150 (MQ=255) ccgAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGCCAACGCGGccc > 2:1322541/1‑150 (MQ=255) | CAGGTAAGAGTTTCAACATCATCTCCCACGCGGCAACGGCTTCGCCAAATCGCTGCTGCTCAAAGGCATTAAACGCATACATGCTTAGCACACGGATATTGCTATGGTCCGTTCTCACCAGCTGACGTAGCAGTTCACCGCCGAGGCGGTTGTCGTTGGGATCAGATGAACGAGTCAACGCTTCAGCGTATCCCAGTGCAGCATCACTGTTTTTCGGATCGAGGCGATACGCAGTGGCGTATGCATCGGTGGCGATACTGGCGTTACCCAGCGCCATGCCAACGCGGCCC > NC_000913/2291438‑2291727 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |