| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,320,872 | C→G | 5.4% | A277G (GCC→GGC) | atoS → | sensory histidine kinase AtoS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,320,872 | 0 | C | G | 5.4% | 252.6 / 4.2 | 74 | A277G (GCC→GGC) | atoS | sensory histidine kinase AtoS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (33/37); new base G (2/2); total (35/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.70e-01 | |||||||||||
ACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATG > NC_000913/2320729‑2321021 | acaAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGa < 2:1152558/150‑1 (MQ=255) caAAATATTCCCCCTCGATTACCACAATTGCCCGGGGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGAc < 1:1022690/150‑1 (MQ=255) aaaTATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCg < 1:926268/150‑1 (MQ=255) tatTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGCGGTCAATGGCAATGAcgcca < 1:114176/150‑5 (MQ=255) atTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAg < 1:1374079/150‑1 (MQ=255) ttCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAAAGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAgg > 1:1176946/1‑150 (MQ=255) tCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGCGGTCAATGGCAATGAcgccatcg < 2:23120/150‑8 (MQ=255) tCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAggg > 2:1466779/1‑150 (MQ=255) tCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAggg > 2:401779/1‑150 (MQ=255) ccACTCGATTACCACAATTTCCCTGTTAAATTTGTAAAATCATTCATAGTTTTAATATCCTCGCCCAGGGACTTCGTGAAACGCGTACACTTAACGATCTTATTATTTAAAACGCTTAAGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTg < 2:173580/150‑1 (MQ=255) ccACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGTC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTg < 2:1123479/150‑1 (MQ=255) cACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGa > 2:1267843/1‑150 (MQ=255) tCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGt < 1:913427/150‑1 (MQ=255) 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gCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAaccacc > 1:545502/1‑142 (MQ=255) gCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAAccc < 1:326784/150‑1 (MQ=255) ggggCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGt > 1:505128/1‑150 (MQ=255) gggCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGtt < 1:1359802/150‑1 (MQ=255) ggCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTa < 1:369904/150‑1 (MQ=255) ggCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCACAGGCACTGCGTGAAACGAGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGA‑GTCAATGCCATTGCCCGCCAGGGTGATGTAACAACCATGAACCCAGCATCAGAACTTa > 1:509811/1‑150 (MQ=255) aaTCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCAc < 2:517658/150‑1 (MQ=255) tgtTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACg < 1:275529/150‑1 (MQ=255) gataataaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGc > 1:1121070/3‑150 (MQ=255) taataaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCa > 2:689373/1‑150 (MQ=255) aataaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACg < 2:1058529/146‑1 (MQ=255) aataaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACg > 1:1058529/1‑146 (MQ=255) aataaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCAt < 1:794030/150‑1 (MQ=255) aataaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCAt > 2:803651/1‑150 (MQ=255) ataaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATg > 2:1204542/1‑150 (MQ=255) taaCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGa > 2:1019482/1‑150 (MQ=255) aCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAAc < 2:548592/150‑1 (MQ=255) aCCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAAc > 1:1074902/1‑150 (MQ=255) gCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATTGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTa < 1:1028206/150‑1 (MQ=255) aCTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGcc > 1:1046139/1‑150 (MQ=255) aCTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGcc > 1:464699/1‑150 (MQ=255) aCTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGcc < 1:306898/150‑1 (MQ=255) cTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCt > 1:507280/1‑150 (MQ=255) aaaCGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCa > 1:1502077/1‑150 (MQ=255) aCGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCAtg < 1:1466779/150‑1 (MQ=255) aCGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCAtg < 2:1095528/150‑1 (MQ=255) aCGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCAtg < 2:1100909/150‑1 (MQ=255) cacTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCtt > 1:664782/1‑135 (MQ=255) cacTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCtt < 2:664782/135‑1 (MQ=255) cacTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCg < 1:1173701/150‑1 (MQ=255) cTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGAc > 1:618335/1‑150 (MQ=255) cTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGAc > 1:1446323/1‑150 (MQ=255) cTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCTTGAAGTGTTAGGGCAGCCTTACTCCTTGTTGTTCGACAATACTCAg < 2:1121070/150‑1 (MQ=255) tGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGt > 1:991901/1‑150 (MQ=255) attattGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTc < 1:490480/150‑1 (MQ=255) 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cTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTAc < 1:578818/150‑1 (MQ=255) cTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCACCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTAc < 1:1142592/150‑1 (MQ=255) tGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACt > 1:921268/1‑150 (MQ=255) gCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTg > 1:840747/1‑150 (MQ=255) cctggcggTCAATGGCAATGA‑CGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGAt > 1:206980/8‑150 (MQ=255) ctggcggTCAATGGCAATGA‑CGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATa > 1:980952/7‑150 (MQ=255) aTGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATa < 2:991901/150‑1 (MQ=255) aTGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATa < 1:17692/150‑1 (MQ=255) tGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATAc < 2:507280/150‑1 (MQ=255) gTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTg < 2:1502077/150‑1 (MQ=255) gCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACAt > 1:414834/1‑150 (MQ=255) ccATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATg > 2:50647/1‑150 (MQ=255) | ACAAAATATTCCCACTCGATTACCACAATTGCCCGGTGAAATGGGGCAAATCAGTCAGAGTGTTAATAACCTCGCCCAGGCACTGCGTGAAACGCGGACACTTAACGATCTGATTATTGAAAACGCTGCCGATGGC‑GTCATTGCCATTGACCGCCAGGGTGATGTAACCACCATGAACCCAGCAGCAGAAGTTATCACTGGCTATCAACGCCATGAACTGGTAGGGCAGCCTTACTCCATGTTGTTCGACAATACTCAGTTCTACAGTCCAGTACTGGATACGCTGGAACATG > NC_000913/2320729‑2321021 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |