| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,752,112 | Δ1 bp | 5.8% | coding (121/975 nt) | yiaU → | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YiaU |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,752,112 | 0 | C | . | 5.8% | 346.2 / 13.6 | 103 | coding (121/975 nt) | yiaU | putative LysR‑type DNA‑binding transcriptional regulator YiaU |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/54); new base . (3/3); total (46/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
Only 100 of 105 total aligned reads displayed.
ATAAAATTATATATAATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTAATAATTTTATTGCAGATTAT > NC_000913/3751963‑3752261 | ataAAATTATATATAATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGACATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATc > 2:1438296/1‑150 (MQ=255) taAAATTATATATAATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGCCTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCt > 2:707278/1‑150 (MQ=255) taAAATTATATATAATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCt < 1:201595/150‑1 (MQ=255) aaTTATATATAATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGc < 2:1185651/150‑1 (MQ=255) tataATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCGGCGACTGTACTTGGCATCGCGCAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGAtttt > 2:851574/1‑150 (MQ=255) tataATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAAGATAT‑TTGCTGacgtt < 2:92902/150‑5 (MQ=255) tataATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAAGATAT‑TTGCTGacgtt < 1:946674/150‑5 (MQ=255) tataATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGAtttt < 1:954995/150‑1 (MQ=255) tataATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGAtttt > 1:1129867/1‑150 (MQ=255) ataATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTg < 1:47291/150‑1 (MQ=255) ataATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTg > 1:53643/1‑150 (MQ=255) taATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGa > 2:1455377/1‑150 (MQ=255) taATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGa > 2:1573080/1‑150 (MQ=255) 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ttACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCttt > 1:150826/1‑150 (MQ=255) tACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGGCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTg > 2:1591278/1‑150 (MQ=255) aaCTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCTTTAATCGCTGGCAGTGAAAATATCAGACATGCCTCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCTGCAA‑ATATCTTGCTTATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGAcc < 1:1003274/150‑1 (MQ=255) aaCTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGAcc > 2:331256/1‑150 (MQ=255) aaGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAacc < 1:1238640/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aCTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAg > 2:310151/1‑150 (MQ=255) ttGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGaa < 2:510019/150‑1 (MQ=255) cATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGa < 2:501433/150‑1 (MQ=255) aTCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAg > 2:788661/1‑150 (MQ=255) tCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGc < 1:829408/150‑1 (MQ=255) cGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCa < 1:1330290/150‑1 (MQ=255) cGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTAGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCa < 2:1110906/150‑1 (MQ=255) gCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCaa < 1:1055786/150‑1 (MQ=255) gCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCaa < 1:1119401/150‑1 (MQ=255) gCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCaa > 1:559804/1‑150 (MQ=255) cacaGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGCCCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAAc > 1:1159482/1‑150 (MQ=255) cacaGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAAc < 2:791728/150‑1 (MQ=255) ccAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTtaata < 1:707278/150‑1 (MQ=255) aaaatCAGCAAGATAT‑TTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAg < 2:858543/134‑1 (MQ=255) aaaatCAGCAAGATAT‑TTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTaataat > 1:1060813/5‑150 (MQ=255) aaaatCAGCAAGATAT‑TTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCAGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAg > 1:858543/5‑138 (MQ=255) aaCGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTaataat > 2:1517727/1‑150 (MQ=255) aatCAGCAAGATAT‑TTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTAATAAttt > 1:476778/3‑150 (MQ=255) cAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGACCCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTAATAATTTTAt > 2:1422446/1‑150 (MQ=255) cAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCCCCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGCCATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTAATAATTTTAt > 2:1383089/1‑150 (MQ=255) 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cTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTAATAATTTTATTGCAGATtat > 1:286819/1‑150 (MQ=255) | ATAAAATTATATATAATTGGGCTGTTGCGATGACAAAATTACAACTTAAGTACCGGGAGTTAAAAATTATCTCGGTAATCGCTGCCAGTGAAAATATCAGCCATGCCGCGACTGTACTTGGCATCGCACAGGCCAACGTCAGCAA‑ATATCTTGCTGATTTTGAATCAAAAGTGGGTTTAAAAGTCTTTGACCGAACCACCCGGCAGCTGATGCTCACACCTTTTGGCACCGCGCTGTTACCGTACATCAACGACATGCTGGACAGAAACGAGCAACTTAATAATTTTATTGCAGATTAT > NC_000913/3751963‑3752261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |