| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 89,068 | Δ1 bp | 5.6% | intergenic (+36/‑566) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,068 | 0 | T | . | 5.6% | 357.0 / 12.5 | 107 | intergenic (+36/‑566) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (47/54); new base . (3/3); total (50/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GAGCGTGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCG > NC_000913/88919‑89214 | agCGTGTGCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCctc < 1:1109773/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGcgcg < 1:1316887/150‑1 (MQ=255) tGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTa < 1:997411/150‑1 (MQ=255) tGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTa < 1:991402/150‑1 (MQ=255) tGGAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTa > 1:962882/1‑150 (MQ=255) ggAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTag < 2:932746/150‑1 (MQ=255) ggAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTag < 1:1223743/150‑1 (MQ=255) ggAGATTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTag < 1:495079/150‑1 (MQ=255) gagaTTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGAGGGAAATTCAC‑CTGGCGCGTatt < 2:392459/150‑3 (MQ=255) gagaTTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTaga > 2:513652/1‑150 (MQ=255) ggttcgTCCAGGCTTGCCAGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTagag > 1:1323419/6‑150 (MQ=255) agaTTGTCCTGGCAAGCCTGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTagag > 1:1508096/1‑150 (MQ=255) gttcgTCCAGGCTTGCCAGGACGAACCGCGTAAGCCAAAACCTGGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAG‑GTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGt > 1:555327/5‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |