| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,299,267:1 | +A | 7.8% | intergenic (+22/‑264) | ychE → / → insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,299,267 | 1 | . | A | 7.8% | 437.6 / 33.8 | 116 | intergenic (+22/‑264) | ychE/insH21 | putative inner membrane protein/IS5 transposase and trans‑activator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (57/50); new base A (4/5); total (61/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.34e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
GTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCG > NC_000913/1299120‑1299416 | gTACGGGTTTTACGCAAGACCGGCATAAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGTAATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTACTTTCAAATGAAACGGAGA‑Tg > 2:605646/1‑150 (MQ=255) tACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGc > 1:89685/1‑150 (MQ=255) tACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGc > 1:334391/1‑150 (MQ=255) 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gaagtaaaCGGAGCATGGCA‑GCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcat > 1:237360/6‑150 (MQ=255) aaTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatc > 2:628720/1‑150 (MQ=255) aaTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatc > 1:101891/1‑150 (MQ=255) agtaaaCGGAGCATGGCA‑GCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatca > 1:1065380/4‑150 (MQ=255) aTGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACcatca < 2:756842/150‑1 (MQ=255) 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aaCGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGtt > 1:245253/1‑150 (MQ=255) ggAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTAtt > 1:23048/1‑150 (MQ=255) | GTACGGGTTTTACGCCAGACCGGCATCAACGTGATTACGCGTATTATGGGGCTATTGCTGATGGCATTGGGGATTGAATTTATCGTTACTGGTATTAAGGGGATTTTCCCCGGCCTGCTTAATTAATTCCTTTCAAATGAAACGGAGC‑TGCCATGCTCCGTTTACTTCGTCATTATTTTTACTTTGTTCCCGCGCAGTTATCAAAAGCAAAAGGAATAGGTAAAAATATTCTTCTCAAATTACAGTTAGTTATAAGGATTTCCTTAACTGCTTCTCCTCACCATCATGTTATTTTCG > NC_000913/1299120‑1299416 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |