| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1040875 | 74 (0.800) | 5 (0.060) | 3/262 | NT | 6.6% | coding (259/1299 nt) | appA | periplasmic phosphoanhydride phosphatase/multiple inositol‑polyphosphate phosphatase |
| ? | NC_000913 | = 1040894 | 72 (0.820) | coding (278/1299 nt) | appA | periplasmic phosphoanhydride phosphatase/multiple inositol‑polyphosphate phosphatase | |||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
GTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCAGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACTGTGCAATAACCGTACATACC > NC_000913/1040726‑1041024 | gtcgtcATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGC > 1:234526‑M1/1‑150 (MQ=255)gtcgtcATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGC > 2:773578‑M1/1‑150 (MQ=255) tcgtcATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCg < 2:1015796/150‑1 (MQ=255) gtcATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTc < 2:69667/150‑1 (MQ=255) cATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTg < 2:1475051/150‑1 (MQ=255) tGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGt > 2:787813/1‑150 (MQ=255) gtgcgtgcTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGAACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGcc > 2:245792/1‑150 (MQ=255) gcgtgcTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGa < 2:827940/150‑1 (MQ=255) gcgtgcTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGa > 1:384216/1‑150 (MQ=255) gcgtgcTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGa > 2:1176246/1‑150 (MQ=255) gcgtgcTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGa < 2:822298/150‑1 (MQ=255) gcgtgcTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCACGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGATGGCTCACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGGCTGGTAGCCGa > 2:1372760/1‑150 (MQ=255) tCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACCCCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGAtt > 1:1480748/1‑150 (MQ=255) ccaaccaaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTg < 1:566695‑M2/150‑2 (MQ=255) accaaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctg > 2:421257‑M2/1‑146 (MQ=255) accaaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctg > 1:1413067‑M2/1‑146 (MQ=255) ccaaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctgg > 1:1074649‑M2/1‑145 (MQ=255) caaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAAGCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggc > 1:741047‑M2/1‑144 (MQ=255) caaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggc > 1:1473140‑M2/1‑144 (MQ=255) caaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggc > 1:827984‑M2/1‑144 (MQ=255) caaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggc > 1:632953‑M2/1‑144 (MQ=255) aaGGCCAGGGAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCAGGGCCAACGTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCATATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggcg > 2:478903‑M2/1‑143 (MQ=255) aaGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggcg > 2:587522‑M2/1‑143 (MQ=255) 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aaCTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCTACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgt < 2:1575163‑M1/150‑37 (MQ=255) aaCTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCt < 2:952867/150‑1 (MQ=255) cTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGc > 1:456575/1‑150 (MQ=255) aTGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCg > 1:1511717/1‑150 (MQ=255) tGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgtt > 1:1293898‑M1/1‑108 (MQ=255) tGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgtt < 2:1293898‑M1/136‑29 (MQ=255) tGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGc < 2:1057966/150‑1 (MQ=255) tGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTgg > 1:1147196/1‑150 (MQ=255) tGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTgg < 1:787813/150‑1 (MQ=255) gTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTgtc < 2:384216/150‑3 (MQ=255) 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gACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCAGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACtgtg > 2:301304/1‑150 (MQ=255) gACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCAGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACtgtg > 1:1107168/1‑150 (MQ=255) aCATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggtaggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagtt < 2:1575163‑M2/150‑115 (MQ=255) aCATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCAGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACTGTGc < 1:245792/150‑1 (MQ=255) cATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCAGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACTGTGCa < 2:800211/150‑1 (MQ=255) aTTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGCCGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCCGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACTGTGCaa < 2:1092900/150‑1 (MQ=255) tACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCAGGTCGCGATTATTGCTGATGACGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACTGTGCAATa > 1:1401045/1‑150 (MQ=255) aCCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCg > 1:314238/1‑53 (MQ=255) aCCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCg < 2:314238/53‑1 (MQ=255) aaCGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggcc < 1:231784‑M2/150‑123 (MQ=255) aaCGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgca > 1:1293898‑M2/1‑28 (MQ=255) aaCGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgca < 2:1293898‑M2/136‑109 (MQ=255) aaCGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtaacatcctgcatcagttgcgtggcc < 1:1322172‑M2/150‑123 (MQ=255) cGCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagatatgcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccacgttggccctgcgtctggggtgacatcctgcatcagttccctggcctt > 2:478903‑M1/1‑7 (MQ=255) cGCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggcctt > 2:587522‑M1/1‑7 (MQ=255) gCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggccttg > 1:1473140‑M1/1‑6 (MQ=255) gCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggccttg > 1:632953‑M1/1‑6 (MQ=255) gCCAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggccttg > 1:827984‑M1/1‑6 (MQ=255) ccAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggccttgg > 1:1074649‑M1/1‑5 (MQ=255) cAGCaatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggccttggt > 1:1413067‑M1/1‑4 (MQ=255) caatccgtcggctaccagacgctggcgttggtaatgtccgagataggcgattagctcaccaccgcgcggtgtcagccaacccagttttaccggccaggttggccatgcgtctggggtgacatcctgcatcagttgcgtggccttggttgg < 1:566695‑M1/150‑150 (MQ=255) cGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGCCAGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACTGTGCAATAACCGTACATAcc < 2:1093107/150‑1 (MQ=255) | GTCGTCATGGTGTGCGTGCTCCAACCAAGGCCACGCAACTGATGCAGGATGTCACCCCAGACGCATGGCCAACCTGGCCGGTAAAACTGGGTTGGCTGACACCGCGCGGTGGTGAGCTAATCGCCTATCTCGGACATTACCAACGCCAGCGTCTGGTAGCCGACGGATTGCTGGCGAAAAAGGGCTGCCCGCAGTCTGGTCAGGTCGCGATTATTGCTGATGTCGACGAGCGTACCCGTAAAACAGGCGAAGCCTTCGCCGCCGGGCTGGCACCTGACTGTGCAATAACCGTACATACC > NC_000913/1040726‑1041024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |