| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | 3417147 = | 76 (0.820) | 4 (0.050) | 3/264 | NT | 5.5% | coding (2115/3105 nt) | acrF | multidrug efflux pump RND permease AcrF |
| ? | NC_000913 | 3417182 = | 66 (0.750) | coding (2150/3105 nt) | acrF | multidrug efflux pump RND permease AcrF | |||||
AAGATCCGCGACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAACGGCGCTGGGTG > NC_000913/3416998‑3417295 | gcggccacggtcgatgaagtcgttaacgtaagtcccacccagcgccgttgaaatggtctgattgatgtcagaaagtgaaacacctaatgcctgcgccttttcctggtcaacttccagtttaaactgcgcggtgtcttccaggccattagg > 1:486980‑M1/150‑150 (MQ=255) cggccacggtcgatgaagtcgttaacgtaagtcccacccagcgccgttgaaatggtctgattgatgtcagaaagtgaaacacctaatgcctgcgccttttcctggtcaacttccagtttaaactgcgcggtgtcttccaggccattaggg > 2:246625‑M1/149‑150 (MQ=255) cggccacggtcgatgaagtcgttaacgtaagtcccacccagcgccgttgaaatggtctgattgatgtcagaaagtgaaacacctaatgcctgcgccttttcctggtcaacttccagtttaaactgcgcggtgtcttccaggccattaggg > 2:187042‑M1/149‑150 (MQ=255) cggccacggtcgatgaagtcgttaacgtaagtcccacccagcgccgttgaaatggtctgattgatgtcagaaagtgaaacacctaatgcctgcgccttttcctggtcaacttccagtttaaactgcgcggtgtcttccaggccattaggg < 1:1442501‑M1/2‑1 (MQ=255) ggccacggtcgatgaagtcgttaacgtaagtcccacccagcgccgttgaaatggtctgattgatgtcagaaagtgaaacacctaatgcctgcgccttttcctggtcaacttccagtttaaactgcgcggtgtcttccaggccattagGgc > 2:120727‑M1/148‑150 (MQ=255) gATCCGCGACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATggcggc > 1:1613732/1‑150 (MQ=255) aTCCGCGACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGTGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGgcggcg < 2:1212695/150‑1 (MQ=255) tCCGCGACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGgcgc < 2:1035778/150‑1 (MQ=255) tCCGCGACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGgcgc < 2:241628/150‑1 (MQ=255) ccGCGACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCa < 2:1340953/150‑1 (MQ=255) cgcgACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCaa > 2:241390/1‑150 (MQ=255) cGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATcc > 1:39463/1‑150 (MQ=255) ttttGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCGGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGc < 1:1594176/150‑1 (MQ=255) tGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAg < 2:935097/150‑1 (MQ=255) tGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAg > 2:1202127/1‑150 (MQ=255) tGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAg < 2:1378674/150‑1 (MQ=255) tCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTTGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCt < 1:102017/150‑1 (MQ=255) cattccattcAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCtt < 1:1202127/150‑1 (MQ=255) cattccattcAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCtt < 1:1240760/150‑1 (MQ=255) tcAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCg < 2:1289746/150‑1 (MQ=255) cAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGt > 2:1252468/1‑150 (MQ=255) cAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGt > 2:858169/1‑150 (MQ=255) tGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGcc > 1:407779/1‑150 (MQ=255) 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gggCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGacac > 1:98427/1‑150 (MQ=255) ggCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGc > 2:954726/1‑114 (MQ=255) ggCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGc < 1:954726/114‑1 (MQ=255) gCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAg < 2:1460133/150‑1 (MQ=255) gggTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTaa < 1:1252468/150‑1 (MQ=255) ggTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTaaa > 2:1426205/1‑150 (MQ=255) 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ggCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACatcaa > 1:382879/1‑150 (MQ=255) gCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACatcaat < 2:836031/150‑1 (MQ=255) cccGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTg > 2:376166/1‑141 (MQ=255) cccGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTg < 1:376166/141‑1 (MQ=255) cGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAg < 2:871297/150‑1 (MQ=255) aGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTGAGCGTGCGCCCTAATTTCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAATGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCAttt < 1:1231806/150‑1 (MQ=255) gTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTc < 1:1426205/150‑1 (MQ=255) gTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTc > 1:692585/1‑150 (MQ=255) gTTGCTTGGTATGGCGGCGAAACATCCTGCCAGATTAGTCAGCGTGCGCCCAAATGGCCTGGAAGAAACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTTTTTCACTTTATGACATAAATCAGACCaataa > 2:695114/1‑146 (MQ=255) ttGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTTGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCa < 2:382879/150‑1 (MQ=255) gCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAAc < 2:1526137/150‑1 (MQ=255) gCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAAc < 2:241328/150‑1 (MQ=255) cTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAACg > 2:403897/1‑150 (MQ=255) aTGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAACGGCGCtg < 2:771331/150‑1 (MQ=255) tGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAACGGCGCtgg > 1:158901/1‑150 (MQ=255) cggcgCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAACGGCGCtgggtg > 1:241802/1‑150 (MQ=255) | AAGATCCGCGACGGTTTTGTCATTCCATTCAATATGCCAGCCATTGTTGAACTGGGCACGGCAACGGGTTTCGACTTTGAGTTAATTGATCAGGCTGGGCTGGGTCACGATGCCCTAACCCAGGCCCGTAACCAGTTGCTTGGTATGGCGGCGCAACATCCTGCCAGCTTAGTCAGCGTGCGCCCTAATGGCCTGGAAGACACCGCGCAGTTTAAACTGGAAGTTGACCAGGAAAAGGCGCAGGCATTAGGTGTTTCACTTTCTGACATCAATCAGACCATTTCAACGGCGCTGGGTG > NC_000913/3416998‑3417295 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |