| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 3854940 = | 83 (0.960) | coding (1019/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD | |||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
CTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATG > NC_000913/3854731‑3855028 | ctcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCTGGATGCTGTTTCCGCTGGC < 1:777252‑M1/150‑1 (MQ=255)atgcgacatccgcgtcgccagcggcagccagcacagcacgatcaacaatcccattaaggtcatcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcc > 1:248194‑M1/150‑150 (MQ=255) tcCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCG < 1:1220819‑M1/150‑1 (MQ=255) ccACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGA > 1:155221‑M1/1‑150 (MQ=255) acatccgcgtcgccagcggcagccagcacagcacgatcaacaatcccattaagggcatcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCa < 2:155221‑M1/6‑1 (MQ=255) gTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑G > 2:1397754‑M1/1‑150 (MQ=255) tccgcgtcgccagcggcagccagcacagcacgatcaacaatcccattaaggtcatcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCA‑‑‑gcg < 1:184251‑M1/9‑1 (MQ=255) tccgcgtcgccagcggcagccagcacagcacgatcaacaatcccattaaggtcatcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCA‑‑‑gcg < 1:966592‑M1/9‑1 (MQ=255) gtgGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGgcgc > 2:900629/1‑150 (MQ=255) gCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGAt > 1:970303/1‑150 (MQ=255) cAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATg < 1:1390652/150‑1 (MQ=255) aGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATgg < 2:158547/150‑1 (MQ=255) tCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGAGGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAg < 2:777861/150‑1 (MQ=255) 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tCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGc < 1:635249/150‑1 (MQ=255) cTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCa < 1:798908/150‑1 (MQ=255) ttttCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCaaa > 1:358026/1‑150 (MQ=255) tttCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAAc > 2:1340035/1‑150 (MQ=255) tCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCg < 2:596545/150‑1 (MQ=255) cGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCgg < 1:775401/150‑1 (MQ=255) ggATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCa > 1:1601289/1‑150 (MQ=255) tGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGcc > 1:1288700/1‑150 (MQ=255) gatGTTTCCGCTGCCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCAGGTCGGCGGTCTGCAAAAAATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCt > 2:644965/3‑150 (MQ=255) gCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGTCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCACAAACCGGTCAGGGCa > 2:858743/1‑146 (MQ=255) gCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGTCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCACAAACCGGTCAGGGCa < 1:858743/146‑1 (MQ=255) tGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGTGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTgg < 1:193728/150‑1 (MQ=255) tGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTgg > 2:920901/1‑150 (MQ=255) gTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTggg > 1:1092679/1‑150 (MQ=255) ccGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGgttg < 1:215275/150‑1 (MQ=255) ccGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGgttg > 1:449900/1‑150 (MQ=255) gCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGgttgtt < 1:246298/150‑1 (MQ=255) tGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtga < 2:587988/150‑1 (MQ=255) gggCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTGCCTGCCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCGCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtga < 2:1159010/149‑1 (MQ=255) ggCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggg < 1:844070‑M2/150‑98 (MQ=255) ggCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtgat < 2:358026/150‑1 (MQ=255) gCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTtgatg < 1:1397754/150‑1 (MQ=255) | CTCCACGTTAATGTGGCAGTCGGTTATCTGCTGCCTGCTGGCTGGCTTGCTGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCA‑‑‑GCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATG > NC_000913/3854731‑3855028 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |