New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 2769962 | 69 (0.750) | 4 (0.040) | 3/268 | NT | 5.2% | coding (260/702 nt) | yfjR | CP4‑57 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
? | NC_000913 | = 2769989 | 80 (0.890) | coding (287/702 nt) | yfjR | CP4‑57 prophage; putative DNA‑binding transcriptional regulator |
GTGAACGACTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCAG > NC_000913/2769848‑2770138 | gTGAACGACTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGGCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTc > 2:54962/1‑150 (MQ=255) aCGACTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGt < 1:541817/150‑1 (MQ=255) aCTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGaa < 1:814339/150‑1 (MQ=255) cTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAAt > 2:57364/1‑150 (MQ=255) tGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATg < 2:144067/150‑1 (MQ=255) tGTATCGGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGGGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCTCAGCTTGCTGGCCGGGCTTTTTCCAGGCCGTGTACGCTGTGTGGTGAAttcta < 2:1062831/150‑5 (MQ=255) gTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCAct < 2:32684/150‑1 (MQ=255) aTCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCActgc < 1:559471/150‑1 (MQ=255) aTCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCActgc > 2:1158030/1‑150 (MQ=255) aTCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCActgc > 1:1536613/1‑150 (MQ=255) tCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCActgct > 1:330716/1‑150 (MQ=255) cTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCActgctg > 2:1315312/1‑150 (MQ=255) tGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGa < 1:812688/150‑1 (MQ=255) ggACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGAt > 1:168846/1‑150 (MQ=255) ccTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGAtgtg > 2:1242193/1‑150 (MQ=255) ccTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGAtgtg > 2:381612/1‑150 (MQ=255) ccTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGAtgtg < 2:1352951/150‑1 (MQ=255) cTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGc > 1:637623/1‑150 (MQ=255) 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cGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTg > 1:501621/1‑150 (MQ=255) cGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTg > 2:1294618/1‑150 (MQ=255) tACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATTCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTg > 1:384360/1‑150 (MQ=255) tACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTg < 1:695329/150‑1 (MQ=255) aCTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGa < 1:1009794/150‑1 (MQ=255) cTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGAt > 1:376904/1‑150 (MQ=255) tGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATa < 2:779207/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATa < 2:1437537/150‑1 (MQ=255) tGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATa < 2:1034089/150‑1 (MQ=255) gCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAg < 1:1396972/150‑1 (MQ=255) cGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCa > 2:1258717/1‑150 (MQ=255) cGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGcc > 2:1314840/1‑150 (MQ=255) cGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGcc < 1:1597546/150‑1 (MQ=255) cACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCaa > 1:1385784/1‑150 (MQ=255) cACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCaa > 2:1623895/1‑150 (MQ=255) 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cAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCa < 1:1621174/150‑1 (MQ=255) cAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCa > 2:76010/1‑150 (MQ=255) aGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAg < 2:30947/150‑1 (MQ=255) gATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAgg > 1:1555965/1‑150 (MQ=255) ggTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGc > 2:1094379/1‑150 (MQ=255) 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ggCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGgcg > 2:184028/1‑150 (MQ=255) ccGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCa > 2:596573/1‑150 (MQ=255) ccGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCa < 1:810299/150‑1 (MQ=255) ccGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCa < 1:270284/150‑1 (MQ=255) gCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCg > 1:1195223/1‑150 (MQ=255) tttttCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCggg > 1:674647/1‑150 (MQ=255) tttttCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCggg < 1:754272/150‑1 (MQ=255) tttttCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCggg > 2:1144752/1‑150 (MQ=255) ttgccGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCTATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGTGCGCAGGCGGGTGa < 2:637623/147‑1 (MQ=255) ttCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGa < 1:1258717/150‑1 (MQ=255) cccGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACg > 1:1400896/1‑150 (MQ=255) cGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCt < 2:1385784/150‑1 (MQ=255) ttGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTg > 1:209747/1‑150 (MQ=255) gACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCa > 2:224056/1‑150 (MQ=255) aCCGCAGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCag < 2:1071346/150‑1 (MQ=255) | GTGAACGACTGATGTATCTGGACCTGGAGTATCAGTCCGGATACTGCCGCTTACGCACTGCTGGCAGTGAGATGCAGATGGTGCCCGACGTGCTTATCTTTGCCCACCGCAGCGGGCTGGCCGGGCTTTTTCCCGGCCTTGACCGCCGTCTGGTGAATGCACTGCTGATGTGCGATGAGTCTCCCTGCGTGATAGCACCAGCCAATCCGGTTCCTTCGCCTTCAGGAGCATTGTCTTTCTGGAGACTGATTCAGGCCATTACCGGGCGCAGGCGGGTGACGCTGATTGCAG > NC_000913/2769848‑2770138 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |