| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3621534 | NA (NA) | 4 (0.050) | 4/260 | NT | 100% | coding (2343/4236 nt) | rhsB | rhs element protein RhsB |
| ? | NC_000913 | = 3621592 | 0 (0.000) | coding (2401/4236 nt) | rhsB | rhs element protein RhsB | |||||
CCGGTGAGCGTCAGACGGTGCATCACCCGCAGACGGAAGCACTGCTCTGGCAGCATGAGACCAGACATGCGTACAACGCGCAGGGGCTGGCGAACCGCTGTATACCGGACAGCCTGCCCGCCGTGGAATGGCTGACCTACGG‑CAGCGGTTACCTGGCAGGCATGAAACTCGGCGACACACCGCTGGTGGAGTACACCCGCGACCGCCTGCACCGGGAAACGCTGCGCAGCTTCGGCCGTTATGAACTCACCACCGCTTATACCCCTGCCGGGCAGTTACAGAGCCAGCACCTGAACAG > NC_000913/3621443‑3621740 | ccGGTGAGCGTCAGACGGTGCATCACCCGCAGACGGAAGCACTGCTCTGGCAGCATGAGACCAGACATGCGTACAACGCGCAGGGGCTGGCGAACCGCTGTATACCGGACAGCCTGCCCGCCGTGGAATGGCTGACCTACGG‑CAGCGGTT < 1:944018‑M2/150‑1 (MQ=255) gCTGTATACCGGACAGCCTGCCCGCCGTGGAATGGCTGACCTACGG‑CAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcggg > 1:1061511‑M2/1‑54 (MQ=255) gCTGTATACCGGACAGCCTGCCCGCCGTGGAATGGCTGACCTACGG‑CAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcggg < 2:1061511‑M2/121‑68 (MQ=255) tataCCGGACAGCCTGCCCGCCGTGGAATGGCTGACCTACGG‑CAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccgg < 1:451492‑M2/150‑101 (MQ=255) ccGGACAGCCTGCCCGCCGTGGAATGGCTGACCGGTATACAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacacatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcct < 1:20578‑M2/150‑104 (MQ=255) cAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccct < 2:1346647‑M2/150‑143 (MQ=255) cAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccct < 1:1197252‑M2/150‑143 (MQ=255) cAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccct < 1:1554191‑M2/150‑143 (MQ=255) cAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccct < 1:491001‑M2/150‑143 (MQ=255) cAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccct > 1:497384‑M2/1‑8 (MQ=255) cAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccgg < 2:55606‑M2/100‑93 (MQ=255) cAGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccgg > 1:55606‑M2/1‑8 (MQ=255) aGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccctt < 1:10178‑M2/150‑144 (MQ=255) aGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccctt > 2:491001‑M2/1‑7 (MQ=255) aGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccctt > 1:1236242‑M2/1‑7 (MQ=255) aGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccctt < 1:1152422‑M2/150‑144 (MQ=255) aGCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgccctt < 1:1146756‑M2/150‑144 (MQ=255) gCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggcgcccttc < 1:1146219‑M2/150‑145 (MQ=255) gCGGTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatacaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcttacctgtaatgcaccgccacccggtgcccttc < 1:1317222‑M2/150‑145 (MQ=255) gCGGTTcgccagcccatgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgacagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgacacccggtgcccttc < 2:1466495‑M2/150‑145 (MQ=255) ggTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgcccttcgc > 1:103493‑M2/1‑4 (MQ=255) gTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgcccttcgct < 2:302930‑M2/150‑148 (MQ=255) gTTcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgcccttcgct > 2:1034816‑M2/1‑3 (MQ=255) ttcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgcccttcgctg > 2:106373‑M2/1‑2 (MQ=255) ttcgccagcccctgcgcgttgtacgcatgtctggtctcatgctgccagagcagtgcttccgtctgcgggtgatgcaccgtctgacgctcaccggtcagccggcctttctcatcatacctgtaatgcaccgccacccggtgcccttcgctg > 2:848091‑M2/1‑2 (MQ=255) | CCGGTGAGCGTCAGACGGTGCATCACCCGCAGACGGAAGCACTGCTCTGGCAGCATGAGACCAGACATGCGTACAACGCGCAGGGGCTGGCGAACCGCTGTATACCGGACAGCCTGCCCGCCGTGGAATGGCTGACCTACGG‑CAGCGGTTACCTGGCAGGCATGAAACTCGGCGACACACCGCTGGTGGAGTACACCCGCGACCGCCTGCACCGGGAAACGCTGCGCAGCTTCGGCCGTTATGAACTCACCACCGCTTATACCCCTGCCGGGCAGTTACAGAGCCAGCACCTGAACAG > NC_000913/3621443‑3621740 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |