| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | NC_000913 | = 3854888 | 82 (0.890) | 5 (0.060) | 5/258 | NT | 5.9% | coding (967/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD |
| ? | NC_000913 | = 3854930 | 83 (0.960) | coding (1009/1185 nt) | emrD | multidrug efflux pump EmrD | |||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
TGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGG > NC_000913/3854781‑3855079 | tGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGgcg < 1:1319418/150‑1 (MQ=255) gATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGc < 2:515882‑M2/150‑2 (MQ=255) tgGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctg > 1:40861‑M2/1‑145 (MQ=255) tgGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctg < 1:551314‑M2/150‑6 (MQ=255) ggATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctgg < 2:1094144‑M2/150‑7 (MQ=255) ggATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctgg < 2:246298‑M2/150‑7 (MQ=255) aggtcatcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTgg > 2:24674‑M1/94‑150 (MQ=255) gtcatcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTc > 2:57499‑M1/92‑150 (MQ=255) ccccGACTGGTTTGGCGTGATGTATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcgg > 2:611146/1‑150 (MQ=255) ccccGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcgg > 2:914975/1‑150 (MQ=255) catcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCAGCGGCGTGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcgg > 1:84470‑M1/90‑150 (MQ=255) cccGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcggc > 2:798908/1‑150 (MQ=255) atcaacaaccccaggctgccctgaccggtttgcggcaacatcgcagagagcgacgccagcacgccggaaccaatgttttgcagaccgcCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTcggc > 2:1362468‑M1/89‑150 (MQ=255) 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aGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGa > 2:977232/1‑150 (MQ=255) gCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGAt < 2:551314/150‑1 (MQ=255) gCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGAt > 1:339878/1‑150 (MQ=255) cGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCg > 1:1498113/1‑150 (MQ=255) gTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATc < 1:1052996/148‑1 (MQ=255) gTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTACGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATc > 2:1052996/1‑148 (MQ=255) ttCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtg < 1:1414868/150‑1 (MQ=255) ccccTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtgct > 2:966592/1‑150 (MQ=255) ccccTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtgct < 1:1372251/150‑1 (MQ=255) ccTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGcgctggtcgccagcggaaacagcatcccggcaccgaaaaagaacagcgcggcgggaacgagcagcgtccagacattcatcacgccaaaccagtcggggatccacatcagcaagccagccagcaggc > 2:1476483‑M2/1‑24 (MQ=255) ttCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCgtgctgtgc < 1:931990/150‑1 (MQ=255) cTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTgctgg < 1:760652/150‑1 (MQ=255) cGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGc > 1:1399200/1‑150 (MQ=255) gggCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGcc < 1:520568/150‑1 (MQ=255) gCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTTCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGc < 2:716722/150‑1 (MQ=255) gCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGc > 1:1546974/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTgg < 1:326794/150‑1 (MQ=255) cTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGa > 1:1352965/1‑150 (MQ=255) cTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGa > 2:202076/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGAcg > 2:1075370/1‑150 (MQ=255) ggCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGAcg < 2:1414893/150‑1 (MQ=255) gcgcgcGGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGGCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGAcgc < 1:1075370/150‑1 (MQ=255) | TGATGTGGATCCCCGACTGGTTTGGCGTGATGAATGTCTGGACGCTGCTCGTTCCCGCCGCGCTGTTCTTTTTCGGTGCCGGGATGCTGTTTCCGCTGGCGACCAGCGGCGCGATGGAGCCGTTCCCCTTCCTGGCGGGCACGGCTGGCGCGCTGGTCGGCGGTCTGCAAAACATTGGTTCCGGCGTGCTGGCGTCGCTCTCTGCGATGTTGCCGCAAACCGGTCAGGGCAGCCTGGGGTTGTTGATGACCTTAATGGGATTGTTGATCGTGCTGTGCTGGCTGCCGCTGGCGACGCGG > NC_000913/3854781‑3855079 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |