| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,811,688 | C→A | 5.9% | S252Y (TCT→TAT) | tcyP → | cystine/sulfocysteine:cation symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,811,688 | 0 | C | A | 5.9% | 284.1 / 4.7 | 84 | S252Y (TCT→TAT) | tcyP | cystine/sulfocysteine:cation symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/43); new base A (3/2); total (39/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.76e-01 | |||||||||||
GAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCATTCTGCTGGGCATTAATGGCGTGAGTCCGCTGAAGTACTTCCGTAAGGTATGGCCTGTGCTGA > NC_000913/1811539‑1811834 | gAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTTATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTc > 2:1032434/1‑150 (MQ=255)gAAACTGCTGAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTc > 2:839707/1‑150 (MQ=255) aaCTGCTGAACGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGCTCTa < 2:593258/150‑1 (MQ=255) tgctgAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACt < 2:1043592/150‑1 (MQ=255) ctgAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTg > 1:1028104/1‑150 (MQ=255) ctgAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTg > 2:1584669/1‑150 (MQ=255) tgAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGc > 1:836710/1‑150 (MQ=255) tgAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGc < 2:785116/150‑1 (MQ=255) tgAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGc > 1:17430/1‑150 (MQ=255) tgAAGGATGATCCGCCGAAAGCTGAACGCGCCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAACCCTGGGCGACGCACCTCGTCCGCCTGGGCCTGCAGTTCCCCCCTTACGGCGTTCTCGCTCTAATGACCAACGTGGTCGCAGGTTCTCACTTGc < 2:717622/150‑1 (MQ=255) gAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCa > 1:1282071/1‑150 (MQ=255) gAAGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCa > 1:1085296/1‑150 (MQ=255) aGGATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAg < 1:1278697/150‑1 (MQ=255) ggATGATGCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAAGTTAGAACCTGCaacc < 1:902079/150‑3 (MQ=255) tgatgCGCCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGAcat > 2:216545/1‑150 (MQ=255) gcgcCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGCCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACatcatc > 1:878209/1‑150 (MQ=255) gcCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACt < 2:1164038/134‑1 (MQ=255) gcCGAAAGGTGAACGCGTCTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACt > 1:1164038/1‑134 (MQ=255) 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cTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAAGTTAGAACCTGCaacc < 2:1104279/123‑3 (MQ=255) cTTAGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAAGTTAGAACCTGCaacc > 1:1104279/1‑121 (MQ=255) aGCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTcgc < 1:216545/150‑1 (MQ=255) gCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAACCTGGGAAGTTTCGTTGTcgcg > 2:164136/1‑150 (MQ=255) gCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTcgcg > 1:682261/1‑150 (MQ=255) gCCGCTATCGATACCCTACAAAGCTGGGTGATGAAACTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTcgcg > 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aCTGGTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCa > 2:624849/1‑150 (MQ=255) ggTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATgg < 1:1475814/150‑1 (MQ=255) ggTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATgg < 1:287426/150‑1 (MQ=255) gTTCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGCCCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGc > 2:475525/1‑150 (MQ=255) tCGCCTGGTCATGCAGTTGACCCCTTACGGCGTTCTGGCTCTAATGACCAAAGTGGTTGCAGGTTCTAACTTGCAAGACATCATCAAACTGGGAAGTTTCGTTGTCGCGTCCTACCTCGGTCTGCTGATTATGTTTGCAGTGCATGGCAt < 1:1186607/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |