| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,839,619 | T→A | 5.1% | Y51* (TAT→TAA) | ynjE → | molybdopterin synthase sulfurtransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,839,619 | 0 | T | A | 5.1% | 296.7 / 4.8 | 99 | Y51* (TAT→TAA) | ynjE | molybdopterin synthase sulfurtransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/52); new base A (2/3); total (44/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
AAACGTGTTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCTCCGGTGGCG > NC_000913/1839470‑1839766 | aaaCGTGTTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTtat > 2:923329/1‑150 (MQ=255)aaaCGTGTTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTtat < 1:414238/150‑1 (MQ=255) cGTGTTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAAc > 1:1450457/1‑150 (MQ=255) gtgtTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACg < 1:49246/150‑1 (MQ=255) tgtTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACg‑g > 2:1156674/1‑150 (MQ=255) gtTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑Gc > 1:1252634/1‑150 (MQ=255) ttCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTg < 2:751078/150‑1 (MQ=255) ttCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTg > 1:139561/1‑150 (MQ=255) tctcAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGC‑CGTTATAAAACGCGCTgg < 1:25578/150‑1 (MQ=255) ctcAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCATGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGc < 2:397569/150‑1 (MQ=255) tcAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGcc < 2:1495136/150‑1 (MQ=255) tcAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGcc < 2:1484365/150‑1 (MQ=255) tcAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTNACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGC‑CGTTATAAAACGCGCTgggg < 2:628371/150‑3 (MQ=255) cAAATGACCGCGCGGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCca < 2:566418/150‑1 (MQ=255) aaaTGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGC‑CGTTATAAAACGCGCTggggcg < 2:1526512/150‑5 (MQ=255) gACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAAc < 1:1090051/150‑1 (MQ=255) cccGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCGGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAAcc < 2:729147/149‑1 (MQ=255) aCCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATAGTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAAcc < 2:564455/150‑1 (MQ=255) 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cTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGaaaa < 2:1510701/150‑1 (MQ=255) cGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACGAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAAcc > 2:676259/1‑150 (MQ=255) cGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAAcc < 2:558190/150‑1 (MQ=255) cccAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGAt < 1:1271407/150‑1 (MQ=255) cccAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGAt < 2:569056/150‑1 (MQ=255) cccAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGAt < 1:1519755/150‑1 (MQ=255) ccagccgTTATAAAACGCGCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATg > 2:351302/6‑150 (MQ=255) aGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCt > 1:490083/1‑150 (MQ=255) gccgTTATAAAACGCGCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCTc > 1:1063294/3‑150 (MQ=255) cgTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCTCCgg < 1:1092235/150‑1 (MQ=255) gTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCTCCGGt < 1:1082421/150‑1 (MQ=255) tttATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCTCCGGTgg < 2:373703/150‑1 (MQ=255) tataACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAAcc < 2:401136/127‑1 (MQ=255) tataACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAAcc > 1:401136/1‑127 (MQ=255) tataACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTg > 2:842252/1‑129 (MQ=255) tataACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCTCCGGTGgcg > 2:485671/1‑150 (MQ=255) | AAACGTGTTTCTCAAATGACCGCGCTGGCAATGGCTTTAGGGCTGGCTTGCGCTTCTTCGTGGGCCGCTGAACTGGCGAAGCCTCTTACACTTGACCAGCTTCAACAACAAAATGGCAAAGCGATAGATACTCGCCCCAGCGCGTTTTATAACG‑GCTGGCCACAAACCTTAAATGGCCCTTCTGGTCATGAACTTGCCGCCTTAAACCTCTCTGCCAGCTGGCTTGACAAAATGAGCACCGAACAGCTCAACGCGTGGATCAAGCAACATAACCTGAAAACCGATGCTCCGGTGGCG > NC_000913/1839470‑1839766 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |