| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,901,790 | A→G | 6.6% | intergenic (‑8/‑258) | yoaL ← / → manX | protein YoaL/mannose‑specific PTS enzyme IIAB component |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,901,790 | 0 | A | G | 6.6% | 266.5 / 7.5 | 91 | intergenic (‑8/‑258) | yoaL/manX | protein YoaL/mannose‑specific PTS enzyme IIAB component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (45/40); new base G (2/4); total (47/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.25e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
CGACAAAATGCAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGA > NC_000913/1901641‑1901936 | cGACAAAATGCAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAgaga < 2:642712/150‑1 (MQ=255) aCAAAATGCAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTGAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACg < 1:1191514/150‑1 (MQ=255) cAAAATGCAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGc > 2:975990/1‑150 (MQ=255) aaaaTGCAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGcc < 1:1195353/150‑1 (MQ=255) cAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGGCGTCTCTGAt < 2:669394/150‑1 (MQ=255) cAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGAt > 1:1205812/1‑150 (MQ=255) aaaCGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGAtt > 1:65445/1‑150 (MQ=255) aaCGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGAttt > 1:645274/1‑150 (MQ=255) aaCGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGAttt > 2:412203/1‑150 (MQ=255) aCGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTg < 1:1328976/150‑1 (MQ=255) cGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGGCGTCTCTGATATgt < 1:65900/150‑2 (MQ=255) cGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTgg < 1:1463484/150‑1 (MQ=255) cGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTgg < 2:1446708/150‑1 (MQ=255) gtaaGGGGCGGCATAGAGTGCCAGATAGTGAGGCGTTAAATTGGCTGATGGTGAATTGTCGTCTGTGACGATGCATTCTGCTGGGTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAAGGGTAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGc < 2:325367/148‑1 (MQ=255) gaaatttGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGCCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGTGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGc < 2:1040229/144‑1 (MQ=255) gAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGGCGTCTCTGATATgtt < 1:1039871/150‑3 (MQ=255) gAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGc > 1:471357/1‑150 (MQ=255) ggTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAg > 2:1204304/1‑150 (MQ=255) ggTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAg < 2:875373/150‑1 (MQ=255) ggCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTa > 2:961220/1‑150 (MQ=255) ggCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTa > 1:1343987/1‑150 (MQ=255) gCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTAc < 2:1075280/150‑1 (MQ=255) cATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTAcc < 1:18191/150‑1 (MQ=255) 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ggcaggcGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGaa > 1:42726/1‑150 (MQ=255) cGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGAc < 2:1112789/150‑1 (MQ=255) gTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACa > 1:445509/1‑150 (MQ=255) tAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGAGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAg > 1:1616700/1‑150 (MQ=255) cTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATAtttt < 2:469263/150‑1 (MQ=255) cTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATAtttt < 2:129556/150‑1 (MQ=255) gATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCATAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACTAATGTGACAAGGATATTTTAc < 2:1333261/150‑1 (MQ=255) gATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTAc < 2:835330/150‑1 (MQ=255) tGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTc < 1:214896/150‑1 (MQ=255) gAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCg > 2:818699/1‑150 (MQ=255) 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tCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTg > 2:1285201/1‑150 (MQ=255) aCGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATc < 2:928600/150‑1 (MQ=255) cGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCg < 2:1403109/150‑1 (MQ=255) aTCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGaa > 1:524867/1‑150 (MQ=255) tCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGaaa < 2:1343987/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTa > 1:697865/1‑150 (MQ=255) ttAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGTCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGTATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGAGCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTaa < 1:1448780/150‑1 (MQ=255) tAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTaaa < 2:471357/150‑1 (MQ=255) aaaCATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTaaaa > 2:606879/1‑150 (MQ=255) ccaaatCAGAGGCGTCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAaaata > 1:1570530/5‑150 (MQ=255) 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atCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATc < 2:377440/150‑1 (MQ=255) agagACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATcgcg > 2:587064/1‑150 (MQ=255) tataCGCCTCTTATTTTTCAAATATTTAACTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGa < 1:1622818/147‑1 (MQ=255) | CGACAAAATGCAAACGAAAGGTGCGGCATAGAGTGCCAGAAAGGCAGGCGTTAAAAGGCCTGATGCTGAAATGACGTCGGTGACGATCCATACTGCGGGCTACTGCCCTATACTCCATGGTTGTTAAACGGGAGTTAAACATATCAGAGACGCCTCTGATTTGGCAAAGATTTACCTTCCTTTGCAAACGAATGTGACAAGGATATTTTACCTTTCGAAATTTCTGCTAATCGAAAGTTAAATTACGGATCTTCATCACATAAAATAATTTTTTCGATATCTAAAATAAATCGCGA > NC_000913/1901641‑1901936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |