| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 177,413 | G→C | 6.6% | T71S (ACC→AGC) | yadS ← | conserved inner membrane protein YadS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 177,413 | 0 | G | C | 6.6% | 243.7 / 6.9 | 76 | T71S (ACC→AGC) | yadS | conserved inner membrane protein YadS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/31); new base C (2/3); total (42/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
AAACCGCGATTAACGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAGAACACCAAAAGGGTCCATACGCAATTTTCCGGCT > NC_000913/177264‑177562 | aaaCCGCGATTAACGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCATTTTTGATAAAGATAGCCAGACCAACGTCTTCCAGAACATTCTACATGCATTTTGGTAAGGTTGTTGTTTGGATCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTgg < 2:652267/150‑1 (MQ=255) aCCGCGATTAACGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTg > 1:274152/1‑150 (MQ=255) cgATTAACGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCa < 1:755374/150‑1 (MQ=255) cgATTAACGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGACAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCa < 2:1151639/150‑1 (MQ=255) ttAACGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCACCAGCATGCTGACCAtcg < 1:773950/150‑3 (MQ=255) aaCGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCGAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCACCAGCATGCTGACCAtcgtg < 1:1583263/150‑5 (MQ=255) ggACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACg < 1:1117513/150‑1 (MQ=255) ggACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCACCAGCATGCTGACCAtcgtgctg < 1:1594462/150‑8 (MQ=255) ccGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGAcc < 1:1544041/150‑1 (MQ=255) ccGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGACTTGGCTGGCGCACCAGCACGATCGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGAcc > 1:1142404/1‑150 (MQ=255) cGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGt > 1:1196960/1‑150 (MQ=255) ttAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGa < 2:1598775/150‑1 (MQ=255) tAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGAt > 2:1073453/1‑150 (MQ=255) aaaGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATc < 2:1214081/150‑1 (MQ=255) aaaGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATc > 2:570892/1‑150 (MQ=255) ggCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCttt > 1:963187/1‑150 (MQ=255) gCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTc > 1:904552/1‑150 (MQ=255) tATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCAccc > 2:801409/1‑150 (MQ=255) aTTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCa > 1:887247/1‑150 (MQ=255) aTTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGAACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGCCCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCa > 2:710159/1‑150 (MQ=255) ttCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCaa > 2:1617941/1‑150 (MQ=255) ccAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGGCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATAcc < 2:1068208/150‑1 (MQ=255) aaTGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCgg < 1:1277928/150‑1 (MQ=255) gCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGcc < 2:887247/150‑1 (MQ=255) gCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCT‑GTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCg > 1:36609/1‑150 (MQ=255) ccGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGc < 2:1452308/148‑1 (MQ=255) ccGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGc > 1:1452308/1‑148 (MQ=255) ccGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCg > 2:571561/1‑150 (MQ=255) cAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGAt > 2:1233831/1‑150 (MQ=255) aaCACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATcc > 2:55543/1‑150 (MQ=255) aaCACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTCGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTAACCCAAAATACCGGGCCGTGATcc > 1:209508/1‑150 (MQ=255) aaCACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCAATTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATcc > 1:942451/1‑150 (MQ=255) cGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCT‑GTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGcc < 2:36609/150‑1 (MQ=255) cAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTcgc > 1:918687/1‑150 (MQ=255) tCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTc < 1:55543/150‑1 (MQ=255) cAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTccc > 1:877121/1‑150 (MQ=255) aGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCCCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCccg > 2:174964/1‑150 (MQ=255) gCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCt > 1:338358/1‑98 (MQ=255) gCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCt < 2:338358/98‑1 (MQ=255) 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tAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCAc < 2:490150/147‑1 (MQ=255) aaGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGccc < 1:674022/150‑1 (MQ=255) ccatcgtgctggtGCGCCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGCCCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCCGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGt > 1:1476190/8‑150 (MQ=255) catcgtgctggtGCGCCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCACAGACCAGATCGGAGGGATCTTTCACCCAAAATCCCGGGCCGTGATACAGCGCCATGTCGCGAATTGTCGCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCAAGTa > 1:847489/7‑150 (MQ=255) tCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTAc < 1:710159/150‑1 (MQ=255) atcgtgctggtGCGCCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTAc > 1:1046836/6‑150 (MQ=255) tggctggcGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAg > 1:1274677/1‑150 (MQ=255) tggctggcGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAg > 1:1283345/1‑150 (MQ=255) tggctggcGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAg < 1:5026/150‑1 (MQ=255) tggtGCGCCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAGAaca < 2:1046836/150‑1 (MQ=255) 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ggTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAGAACACCAAAAGGGTCCATACGCAATTTTCCGGc < 1:1073453/150‑1 (MQ=255) gTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAGAACACCAAAAGGGTCCATACGCAATTTTCCGGCt < 1:1119796/150‑1 (MQ=255) | AAACCGCGATTAACGGACCGGCTTCCGCATTAAAGGCTTTATTCACGCCAATGCCGACAAACACCGCCAGACCAACGGCGTCCAGCACCGGCAACATCCATTTTGGTAAGCGTCTTGGCTGGCGCACCAGCACGATGGTCAGCATGCTGGTGACCATTGCAACGACCAGATCGGTGGGATCTTTCACCCAAAATACCGGGCCGTGATCCAGCGCCATGTCGCGAATTGTCCCGCCGCCTACTGCGGTTACCACGCCCAGTACCAGAACACCAAAAGGGTCCATACGCAATTTTCCGGCT > NC_000913/177264‑177562 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |