Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,977,227 | T→A | 8.9% | intergenic (‑88/+39) | motA ← / ← flhC | motility protein A/DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhC |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,977,227 | 0 | T | A | 8.9% | 226.5 / 5.2 | 81 | intergenic (‑88/+39) | motA/flhC | motility protein A/DNA‑binding transcriptional dual regulator FlhC |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (38/35); new base A (5/2); total (44/37) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.42e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGC > NC_000913/1977080‑1977375 | catcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcg > 1:1496914/1‑150 (MQ=255) atcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 2:1082048/1‑150 (MQ=255) atcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 2:1095156/1‑150 (MQ=255) atcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑Acgtcgt > 1:52541/1‑150 (MQ=255) tcaAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGtt < 2:934943/150‑1 (MQ=255) aaaTAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTAc > 2:371938/1‑150 (MQ=255) tAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCgc > 1:928048/1‑150 (MQ=255) aCCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCgctg > 1:413179/1‑150 (MQ=255) 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aGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGt > 2:455080/1‑150 (MQ=255) ggTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt < 2:904778/150‑1 (MQ=255) ggTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGtt < 1:1249026/150‑1 (MQ=255) aCCAAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGGCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGCT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAAc < 2:929428/150‑1 (MQ=255) cTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAg > 1:1118045/1‑150 (MQ=255) taataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGc > 2:1563859/1‑150 (MQ=255) taataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGc < 1:1338116/150‑1 (MQ=255) aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGcc > 2:1528751/1‑150 (MQ=255) aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGcc > 2:1572636/1‑150 (MQ=255) aataaGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGcc > 1:1417697/1‑150 (MQ=255) taagataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGTATGTTCTGTCTTCAGTCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTg < 2:335458/150‑1 (MQ=255) agataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTa > 1:1484170/1‑150 (MQ=255) agataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTa > 2:1605376/1‑150 (MQ=255) agataagCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGC‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTa > 1:183633/1‑150 (MQ=255) gCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTActctct < 1:446927/150‑1 (MQ=255) 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catcatCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCAt < 1:670840/150‑1 (MQ=255) tcatcCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATcc > 1:1066677/1‑150 (MQ=255) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCcagcag > 2:846299/1‑150 (MQ=255) cTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCcagcag < 2:433523/150‑1 (MQ=255) ccACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCATAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc < 2:1167458/129‑1 (MQ=255) ccACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTAc > 1:1167458/1‑129 (MQ=255) ccACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCCTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCAAGCAGTtg > 2:989613/1‑150 (MQ=255) cTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGGGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTgg < 1:464520/150‑1 (MQ=255) gTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTACCGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCGGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATGCAGCAGGTGTgggt > 2:1308853/1‑149 (MQ=255) gTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGa < 1:595326/150‑1 (MQ=255) gACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGataa > 1:953766/1‑150 (MQ=255) tGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCg > 2:812703/1‑150 (MQ=255) aCAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGc < 1:1564555/150‑1 (MQ=255) tGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTAGCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGAtt > 2:1173486/1‑150 (MQ=255) tCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTg < 2:1221064/150‑1 (MQ=255) 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ggggCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCg > 1:1622079/1‑150 (MQ=255) gggCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCgg > 1:1132965/1‑150 (MQ=255) ggCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCggg < 1:1563859/150‑1 (MQ=255) ggCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCggg > 2:1484030/1‑150 (MQ=255) gCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTCGAATGTTGCGCCTAACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACAGACCGGGa > 1:516588/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATgg > 1:1102113/1‑150 (MQ=255) attccagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGc > 1:432378/6‑150 (MQ=255) attccagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGc > 1:80719/6‑150 (MQ=255) aaaaGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCgg < 1:1528751/150‑1 (MQ=255) cagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGtt > 1:698322/2‑150 (MQ=255) cagcagcGGTAACGACG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGtt > 1:998356/2‑150 (MQ=255) agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCTGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTg < 2:1417697/150‑1 (MQ=255) agcagcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTg > 1:518093/1‑150 (MQ=255) cagcGGTAACGCCG‑TACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGT‑GGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACa > 1:589513/1‑150 (MQ=255) gcGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACAt < 2:1492918/150‑1 (MQ=255) cGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATa < 1:1572636/150‑1 (MQ=255) cGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATa < 2:1622079/150‑1 (MQ=255) cgtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg < 1:12715/102‑1 (MQ=255) cgtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTgg > 2:12715/1‑102 (MQ=255) gtcgtTACCTCTGCTTGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTATACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAATTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGc < 2:516588/150‑1 (MQ=255) gtcgtTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGc < 2:256480/150‑1 (MQ=255) | CATCAAATAACCGCCGAAAACTGTACCGAGAACAACCAGGTAACCTAATAAGATAAGCACGACATCATCCTTCCACTGTTGACCATGACAGGATGTTCAGTCGTCAGGCGTTAACGCGCGATTGGGGCAAAAAAAAGCAGCGGT‑ACGTCGTTACCGCTGCTGGAATGTTGCGCCTCACCGTATCAGTTAAACAGCCTGTACTCTCTGTTCATCCAGCAGTTGTGGGATAATATCGGCAGGATTCTGGGAAAGTTTACGTCTTTTTACTGCCCGGGATGGCGGTTGACATAAGCTGC > NC_000913/1977080‑1977375 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |