| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 209,164 | G→T | 6.2% | A182S (GCA→TCA) | accA → | acetyl‑CoA carboxyltransferase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 209,164 | 0 | G | T | 6.2% | 325.0 / 6.8 | 97 | A182S (GCA→TCA) | accA | acetyl‑CoA carboxyltransferase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (40/51); new base T (2/4); total (42/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.48e-01 | |||||||||||
GTATGCCAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAATATGCTGCAATACAGCACCTATTCCGTTATCTCGCCGGAA > NC_000913/209018‑209313 | gTATGCCAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCAc < 1:77428/150‑1 (MQ=255) tATGCCAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACg < 1:22840/150‑1 (MQ=255) gCCAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCaa > 2:905990/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAAcc > 1:327128/1‑150 (MQ=255) cgcCAGAAGGTTACCTCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCC‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGc > 2:820340/1‑150 (MQ=255) ccAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGCACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGt > 2:498089/1‑150 (MQ=255) cAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTg < 1:756803/150‑1 (MQ=255) aGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTTCACGCAGGTTGCGTgc < 1:157123/150‑2 (MQ=255) aGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGa < 2:199894/150‑1 (MQ=255) gAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGaa < 2:141985/150‑1 (MQ=255) aGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAGGTTGCGTGCAAt < 1:1489242/150‑1 (MQ=255) aGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAAt < 2:286153/150‑1 (MQ=255) ggctACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCGTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGTCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCATTCTGAAGCCATTTCACGCATGTTGCGTGCAATg < 2:770221/147‑1 (MQ=255) ggTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACCCCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTTCACGCAGGTTGCGTGCAATg < 2:451294/150‑1 (MQ=255) ggTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATg < 2:524675/150‑1 (MQ=255) ggTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATg < 2:189654/150‑1 (MQ=255) gTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTTCACGCAGGTTGCGTGCAATgg < 2:441417/150‑2 (MQ=255) ttACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGtc < 2:1632706/150‑1 (MQ=255) 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gATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGt < 2:1630211/150‑1 (MQ=255) gCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTg < 2:403119/150‑1 (MQ=255) gCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTg > 2:351179/1‑150 (MQ=255) cAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACGCCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGt > 1:682491/1‑150 (MQ=255) aaaTGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTa < 1:351179/150‑1 (MQ=255) 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GTATGCCAGCGCCAGAAGGTTACCGCAAAGCACTGCGTCTGATGCAAATGGCTGAACGCTTTAAGATGCCTATCATCA‑CCTTTATCGACACCCCGGGGGCTTATCCTGGCGTGGGCGCAGAAGAGCGTGGTCAGTCTGAAGCCATTGCACGCAACCTGCGTGAAATGTCTCGCCTCGGCGTACCGGTAGTTTGTACGGTTATCGGTGAAGGTGGTTCTGGCGGTGCGCTGGCGATTGGCGTGGGCGATAAAGTGAATATGCTGCAATACAGCACCTATTCCGTTATCTCGCCGGAA > NC_000913/209018‑209313 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |