| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,056,907 | G→T | 6.2% | G17V (GGT→GTT) | yeeN → | putative transcriptional regulator YeeN |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,056,907 | 0 | G | T | 6.2% | 452.3 / 10.7 | 136 | G17V (GGT→GTT) | yeeN | putative transcriptional regulator YeeN |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/71); new base T (3/6); total (59/77) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 139 total aligned reads displayed.
CTAATAGACGAGATTTTTCCTGTTATGATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGTGCAACGTCTAAAATTTATGCAAAATTCGGTGTAGAAATCTATGCTGCTGCTAAACAAGGTGAACCCGATCCAGAATTAAACACATCTTTAAAATTCGTTATTGAACGTGCAAAGCAGGCACAAGTTCCAAAGCACGTTATTGATA > NC_000913/2056758‑2057053 | cTAATAGACGAGATTTTTCCTGTTATGATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACgg < 1:140967/150‑1 (MQ=255)cTAATAGACGAGATTTTTCCTGTTATGATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACgg < 1:979255/150‑1 (MQ=255) tAATAGACGAGATTTTTCCTGTTATGATATAATATGCTGAATTAACACATGTTAACGATTTACCAGTAATGTAAATAAATTTTCGAGGAGATCATTCCAGTGGGACGTAAATGGGCCAATATTGTTGCTAAAAAAACGGCTAAAGACGGt < 2:1603127/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |