Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,089,854 | A→T | 6.5% | intergenic (‑141/‑142) | yefM ← / → hisL | YefM antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin pair and DNA binding transcriptional repressor/his operon leader peptide |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,089,854 | 0 | A | T | 6.5% | 423.2 / 12.9 | 136 | intergenic (‑141/‑142) | yefM/hisL | YefM antitoxin of the YoeB‑YefM toxin‑antitoxin pair and DNA binding transcriptional repressor/his operon leader peptide |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (69/58); new base T (5/4); total (74/62) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.74e-01 |
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
TACGCATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTATGACAC > NC_000913/2089707‑2090002 | tACGCATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGAGTTAATTAACAATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGCTATTGACAGTGAGACGAAAATAAAGGCTTCGCTATTTATCGTCACATCAGCTAAGAGGACAGt > 1:903177/1‑150 (MQ=255) aCGCATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCCGCTAAGAGGACAGTc > 2:1278416/1‑150 (MQ=255) cATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCctc > 2:176059/1‑150 (MQ=255) aTGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGCGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGCTCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGCCAGTCctct > 2:1322616/1‑150 (MQ=255) aTGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCctct < 2:825155/150‑1 (MQ=255) gTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTa < 2:1001553/150‑1 (MQ=255) gTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTCTCAGTAACAATAAAAAAAATAATTCGCTATTTTTGGTGCACTCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTa > 2:621146/1‑150 (MQ=255) tCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAg > 1:1022216/1‑150 (MQ=255) 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ttaGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGACACGAAAATCCAGGCTGCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTACGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGc < 2:887053/150‑1 (MQ=255) gTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCt < 1:994392/150‑1 (MQ=255) tttGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCtt > 1:404562/1‑150 (MQ=255) tttGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGACATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTAATAAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATTAAAAAGCCCtt > 2:702830/1‑150 (MQ=255) ttGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTg < 2:1022216/150‑1 (MQ=255) 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cATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACag < 2:496564/150‑1 (MQ=255) ggCTAAGAGGACTGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTc < 1:1572270/141‑1 (MQ=255) ggCTAAGAGGACTGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTc > 2:1572270/2‑142 (MQ=255) tAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACttt > 1:954769/1‑150 (MQ=255) tAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCACCTCCTTTCCCCGATAATTCATTAAAAAAAAACATTGCAATAAAAAATATAAAAAAGAAAATGAATTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACttt > 2:982652/1‑150 (MQ=255) 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cAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTATGacac > 2:570650/1‑150 (MQ=255) | TACGCATGTCAATCTCCTCTTTTGTACAGTTCATTGTACAATGATGAGCGTTAATTAACTATTTATTAATTAGTTTGTAGATCAAGGTATTGTCAGTGAGACGAAAATCCAGGCTTCGCTATTTTTGGTGCCATCAGCTAAGAGGACAGTCCTCTTAGCCCCCTCCTTTCCCCGCTCATTCATTAAACAAATCCATTGCCATAAAATATATAAAAAAGCCCTTGCTTTCTAACGTGAAAGTGGTTTAGGTTAAAAGACATCAGTTGAATAAACATTCACAGAGACTTTTATGACAC > NC_000913/2089707‑2090002 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |