| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,099,258 | A→C | 6.3% | V119G (GTT→GGT) ‡ | ugd ← | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,099,258 | 0 | A | C | 6.3% | 421.9 / 15.5 | 140 | V119G (GTT→GGT) ‡ | ugd | UDP‑glucose 6‑dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (65/66); new base C (6/3); total (71/69) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.67e-01 | |||||||||||
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATA‑TTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGTTGATTTGATGACCATAACCGCATAAGGATTTATCTCAACTACGTCTTTAATTACTGATTCTACACTGGATGTATTGAAATAATTAGTTTTAGGATCATAGTCGGTTGGAGTGGCGATGATGACATAATCAGCATCCCGGTAGG > NC_000913/2099109‑2099405 | gTTCTGCGCGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATA‑TTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGaa > 2:496343/1‑150 (MQ=255) gcgcGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATA‑TTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGtt > 1:1170779/1‑150 (MQ=255) gcgcGTTCTGAACGCTCACCGATGACAATACGTGAAGGATGGAGATTATCGTAAAGGGCTTTACCCTCACGGAGAAATTCCGGGGAGAATATAATA‑TTTTCAGTGCGATATTTCTTATGCATCGCTGCGGTAAAACCAACGGGAACCGtt > 2:1403289/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |