Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,187,314 | C→G | 5.6% | intergenic (+16/+66) | rcnB → / ← yehA | periplasmic protein involved in nickel/cobalt export/putative fimbrial adhesin YehA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,187,314 | 0 | C | G | 5.6% | 366.4 / 9.2 | 108 | intergenic (+16/+66) | rcnB/yehA | periplasmic protein involved in nickel/cobalt export/putative fimbrial adhesin YehA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (52/50); new base G (3/3); total (55/53) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.47e-01 |
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
GCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGG > NC_000913/2187166‑2187462 | gCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCtcatca < 1:1146190/150‑1 (MQ=255) gCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGGGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCT‑AAAAAAGCCCCCTcatcat < 2:1582328/150‑1 (MQ=255) aGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATg < 2:161280/150‑1 (MQ=255) 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GCAGTTGCGTAACCTGCCCGCGCCTGATGCCGGGACGCACTGGACCTATATGGGTGGCGCGTACGTGTTGATCAGCGACACCGACGGTAAAATCATTAAAGCCTACGACGGTGAGATTTTTTATCATCGCTAAAAAAAGCCCCCTCATCATGAGGGGGAAATGCAGACACCTTGTTATTTTTTATTATTAGCCACTTGCTCGTCTTGCTTGTTATTAGTCGTATTTCACGTTGATTAATGCGGTTGCCTCCAGTGCGCCAGATTTAACTTTGTTTGTATCGTAGACGTAGTAACTGG > NC_000913/2187166‑2187462 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |