Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,329,708 | A→G | 5.6% | G30G (GGT→GGC) | yfaQ ← | tandem DUF2300 domain‑containing protein YfaQ |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,329,708 | 0 | A | G | 5.6% | 269.0 / 3.6 | 88 | G30G (GGT→GGC) | yfaQ | tandem DUF2300 domain‑containing protein YfaQ |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (46/37); new base G (3/2); total (49/39) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.45e-01 |
GGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGC > NC_000913/2329562‑2329857 | ggCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACcg > 1:1609274/1‑150 (MQ=255) ggCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACcg > 2:471542/1‑150 (MQ=255) gctCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgca < 2:210137/150‑1 (MQ=255) gctCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgca < 2:415110/150‑1 (MQ=255) ctCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcag < 2:1517535/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagc < 1:569042/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagc < 1:1291482/150‑1 (MQ=255) tCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagc > 1:1364854/1‑150 (MQ=255) ccGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGCTACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagca > 1:820269/1‑150 (MQ=255) ccGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCgcagca > 2:300543/1‑150 (MQ=255) cGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGGCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCAc < 2:453620/150‑1 (MQ=255) gTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCGGTGCGCAGCAcga < 1:483427/150‑3 (MQ=255) gTTGATGGGTAGCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCGGTGCGCAGCAcga < 1:110350/150‑3 (MQ=255) gATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGtt < 1:471542/150‑1 (MQ=255) ggTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTaa > 1:1415459/1‑150 (MQ=255) gTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAAc < 1:168120/150‑1 (MQ=255) tATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACg < 1:1561577/150‑1 (MQ=255) ggtgTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGc > 2:703948/4‑150 (MQ=255) 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gTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCagag > 1:249075/1‑150 (MQ=255) ccACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAAc > 2:704604/1‑150 (MQ=255) tCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGATGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCa > 1:862328/1‑150 (MQ=255) cccTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCaa > 2:268284/1‑150 (MQ=255) tAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAg > 1:219926/1‑150 (MQ=255) 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cTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCt > 1:1178323/1‑150 (MQ=255) tttGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTg < 2:696717/150‑1 (MQ=255) cGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCgg > 2:410792/1‑150 (MQ=255) cGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCgg > 1:300191/1‑150 (MQ=255) cGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCgg > 2:1559275/1‑150 (MQ=255) 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gATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACttt < 1:317008/150‑1 (MQ=255) tCGTGCTGCTCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACTCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCGCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTtgc < 1:274381/150‑1 (MQ=255) tCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTtgc < 1:229297/150‑1 (MQ=255) tCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTtgc > 2:1117580/1‑150 (MQ=255) tCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTtgc < 1:300543/150‑1 (MQ=255) tCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTtgc > 2:1269358/1‑150 (MQ=255) ggTGCTGCGCGGTGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTtgct > 1:1569893/2‑150 (MQ=255) gcgcACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAg > 2:341393/1‑150 (MQ=255) gcgcACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAg > 2:288455/1‑150 (MQ=255) cACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACATTGCTGCGCAGGTg > 1:899838/1‑150 (MQ=255) aCCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCTTGTTCACTTTTTTCAGGTGCATCCCGGTCGATTCACTCGATGCCGCAACAGTTTGCTGCGAAGGTga < 2:820269/150‑2 (MQ=255) | GGCTGCTCCGGTTGATGGGTATCCTCCAGCCAGGCGTAAACATACAGTTTCCACAAACTCCCTAACGGCGTGGTGAGCGAGTCAGGTAATGCTGAGACTTTGGTCACGCCTGATGACGACAGCTGATACAGTTGATCGTGCTGCGCACCGCGCAGCACCAGTTGTAACGGCGTCTCCTCCGCAAGTGTTGGCAGAGTAACCAACGCCAATAGCCAGACGATTCTGCGCCAGTTCACTTATTTCACCTGCATCCCGGTCCATTCACTCCCTGCCGCAACACTTTGCTGCGCAGGTGC > NC_000913/2329562‑2329857 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |