Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 2,400,193 | A→T | 12.1% | intergenic (‑28/+25) | nuoG ← / ← nuoF | NADH:quinone oxidoreductase subunit G/NADH:quinone oxidoreductase subunit F |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,400,193 | 0 | A | T | 12.1% | 273.0 / 20.8 | 98 | intergenic (‑28/+25) | nuoG/nuoF | NADH:quinone oxidoreductase subunit G/NADH:quinone oxidoreductase subunit F |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (49/37); new base T (5/7); total (54/44) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.65e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.97e-01 |
TCCCAGCGCCGGATGCCAGCAAAAGTAAGGAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAGCGCTCTTTCAGCAGGTTCGGCTGAATCCCATTAATCAAATGGGTATTGCTGAACGGCTGTTTGATTCCCGCCTCAAATTCTTCGCGGAAATATTTGATGGCGCTCTGTAACGGCTCCA > NC_000913/2400046‑2400342 | tCCCAGCGCCGGATGCCAGCAAAAGTAAGGAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCagagc > 2:1406914/1‑149 (MQ=255) cAGCGCCGGATGCCAGCAAAAGTAAGGAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTg < 1:318706/150‑1 (MQ=255) gcCGGATGCCAGCAAAAGTAAGGAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCTCTGACTGAgaa < 2:121180/150‑3 (MQ=255) 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aaGTAAGGAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCgg < 1:258069/150‑1 (MQ=255) gTAAGGAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGtt < 1:1424791/150‑1 (MQ=255) gAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAg < 1:1249208/150‑1 (MQ=255) gAATATCAAGGCCAAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTTACCTCGTATTCTTTGACGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAg > 1:760318/1‑150 (MQ=255) tatCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAgcgc < 1:196202/150‑1 (MQ=255) 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aacgctcAGTCTCTGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAGCGCTCTTTCAGCAGGTTCGGCTGAATCCCATTAATCAAATGGGTATTGCTGAACGGCTGTTTGATTCCCGCCTCAAATTCTTCGCGGAAATATTTGATGGCGctc > 2:989460/5‑150 (MQ=255) acgctcAGTCTCTGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAGCGCTCTTTCAGCAGGTTCGGCTGAATCCCATTAATCAAATGGGTATTGCTGAACGGCTGTTTGATTCCCGCCTCAAATTCTTCGCGGAAATATTTGATGGCGctct > 2:385080/4‑150 (MQ=255) tctcAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAGCGCTCTTTCAGCAGGTTCGGCTGAATCCCATTAATCAAATGGGTATTGCTGAACGGCTGTTTGATTCCCGCCTCAAATTCTTCGCGGAAATATTTGATGGCGCTCTGt > 1:949176/1‑150 (MQ=255) gctcAGTCTCTGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAGCGCTCTTTCAGCAGGTTCGGCTGAATCCCATTAATCAAATGGGTATTGCTGAACGGCTGTTTGATTCCCGCCTCAAATTCTTCGCGGAAATATTTGATGGCGCTCTGt > 2:735426/2‑150 (MQ=255) ctcAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAGCGCTCTTTCAGCAGGTTCGGCTGAATCCCATTAATCAAATGGGTATTGCTGAACGGCTGTTTGATTCCCGCCTCAAATTCTTCGCGGAAATATTTGATGGCGCTCTGTa < 2:540962/150‑1 (MQ=255) 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TCCCAGCGCCGGATGCCAGCAAAAGTAAGGAATATCAAGGCCCAGAGACAGACAAGCTTCCAGCAGGTTGTCCGCTCCGTTGACCTCGTATTCTTTGCCGTCTACATGAATTGTAGCCATTAGCATGCTTCCAGTTTTCTCAGTCAGAGACTGAGCGTTAATCGAAATTCGGTTACCAGCGCTCTTTCAGCAGGTTCGGCTGAATCCCATTAATCAAATGGGTATTGCTGAACGGCTGTTTGATTCCCGCCTCAAATTCTTCGCGGAAATATTTGATGGCGCTCTGTAACGGCTCCA > NC_000913/2400046‑2400342 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |