| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,438,874 | A→T | 7.3% | M309L (ATG→TTG) ‡ | flk → | putative flagella assembly protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,438,874 | 0 | A | T | 7.3% | 246.5 / 6.6 | 81 | M309L (ATG→TTG) ‡ | flk | putative flagella assembly protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (39/36); new base T (2/4); total (41/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.32e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.69e-01 | |||||||||||
TGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAG > NC_000913/2438726‑2439020 | tGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAatat > 1:1561159/1‑150 (MQ=255)tGGTCTTTCTGCGCAATCAACGCTTACTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTAAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTCCTTAATCCTTTACCACCGAAGATGGACACGTAGAAAAatat > 2:1157630/1‑150 (MQ=255) ggTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATg < 2:725106/150‑1 (MQ=255) tGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATAGATCCGCGTGTTATGCAACCTCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTG‑AAAATATGCCAACGCGt > 2:947200/1‑150 (MQ=255) cgcCATCATCGCGTTCTTCTGCCCAGCCCGAGGATACTCTTCATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGGGTCATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGCTGATGGCCGCGTTGCCATATTTTGCAACGGGTc < 2:1035318/150‑1 (MQ=255) cgcAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACGCGTTGCCATATTTTGCAACGTGTc < 1:852571/150‑1 (MQ=255) gcAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACGCGTTGCCATATTATGCAACGTGTcc < 1:225113/150‑1 (MQ=255) cAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTccc > 1:995211/1‑150 (MQ=255) aaTCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCCATATTTTGCAACGTGTccat < 1:1607231/150‑3 (MQ=255) atcGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCt > 2:6726/1‑150 (MQ=255) gCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCtgtg > 1:1248125/1‑150 (MQ=255) ttcttcTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGAt < 1:612516/150‑1 (MQ=255) cttctGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATAc > 1:614382/1‑150 (MQ=255) cttctGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATAc > 1:508720/1‑150 (MQ=255) cttctGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATAc < 1:960236/150‑1 (MQ=255) ctGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGt > 2:1542530/1‑150 (MQ=255) tGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGtt < 1:611145/150‑1 (MQ=255) cccAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAg < 1:79627/150‑1 (MQ=255) ccAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGt < 2:995211/150‑1 (MQ=255) cAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTc > 1:321261/1‑150 (MQ=255) ggCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTcgc > 2:132379/1‑150 (MQ=255) atatTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATcc < 1:876072/150‑1 (MQ=255) tatTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTATTCGCGATTATCCt < 2:1622097/150‑1 (MQ=255) cTTAATCAGATTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATg > 2:1409980/1‑150 (MQ=255) ttAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGc > 2:46414/1‑150 (MQ=255) aTCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTgg < 2:530853/150‑1 (MQ=255) cAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTc < 2:1248125/150‑1 (MQ=255) tttATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTctggc < 1:1542530/150‑1 (MQ=255) tttATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTctggc > 2:1537528/1‑150 (MQ=255) tttATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTctggc < 1:825040/150‑1 (MQ=255) tATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTctggctg > 1:953267/1‑150 (MQ=255) tATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTctggctg > 1:765854/1‑150 (MQ=255) tATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTctggctg < 1:165862/150‑1 (MQ=255) tATCAACGACGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTctggctg > 1:215190/1‑150 (MQ=255) cAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGtt > 2:1390729/1‑150 (MQ=255) aaCGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCtgtg < 1:1369331/106‑1 (MQ=255) aaCGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCtgtg > 2:1369331/1‑106 (MQ=255) aaCGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTc < 1:695705/150‑1 (MQ=255) aCGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCg < 1:621421/150‑1 (MQ=255) 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cAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGaa > 1:1181814/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaTCGAAACGCGTCACACTCTGTCTATAATGATAGAACCGATTATCCAGAATCAGTTCAAGCTGGTACGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCCGCCCCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGaa > 2:384723/2‑150 (MQ=255) aaaTATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAaga > 2:1421174/1‑150 (MQ=255) aaTATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAagag < 1:132379/150‑1 (MQ=255) | TGGTCTTTCTGCGCAATCATCGCTTTCTTCTGCCCAGGCCGAGGATATTCTTAATCAGCTTTATCAACGGCGGGTTAAAGGGATTGATCCGCGTGTTATGCAACCGCTGCTTAATCCTTTTCCACCGATGATGGACACGTTGCAAAATATGGCAACGCGTCCCGCGCTGTGGATACTGTTAGTCGCGATTATCCTGATGCTGGTCTGGCTGGTTCGTTAACCCCGACGAAATGACAGTATCGTGACAATAATACCCAGCACCGCAGAGATCGCCCCGGCAAGAAATACCGAAGAG > NC_000913/2438726‑2439020 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |