Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,470,482 | C→A | 7.9% | intergenic (+20/+595) | yfdI → / ← yfdK | CPS‑53 (KpLE1) prophage; serotype specific glucosyl transferase/CPS‑53 (KpLE1) prophage; putative tail fiber assembly protein YfdK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,470,482 | 0 | C | A | 7.9% | 501.7 / 20.4 | 151 | intergenic (+20/+595) | yfdI/yfdK | CPS‑53 (KpLE1) prophage; serotype specific glucosyl transferase/CPS‑53 (KpLE1) prophage; putative tail fiber assembly protein YfdK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (57/82); new base A (2/10); total (59/92) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.28e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.07e-01 |
Only 100 of 152 total aligned reads displayed.
ATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATG > NC_000913/2470333‑2470630 | atatAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGGACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATc < 2:1228054/150‑1 (MQ=255) tataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCa < 1:26976/150‑1 (MQ=255) ataGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCAt > 1:223404/1‑150 (MQ=255) 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gtGCGCGCCATGATTGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGa > 2:107219/2‑150 (MQ=255) gcgcgcCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATa < 1:1306612/150‑1 (MQ=255) cgcgcCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATaa < 2:49686/150‑1 (MQ=255) cgcgcCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATaa > 2:1026539/1‑150 (MQ=255) gcgcCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGAc > 2:950878/1‑144 (MQ=255) 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tCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATg < 2:14278/150‑1 (MQ=255) tCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATg < 1:1030503/150‑1 (MQ=255) | ATATAGAGATTTAAGCAAGCATTTATTTGGAATGTATTTTTCGTTCGACCTTTGCTTATACATAACAGTCGTTTTTTTAATTTATAAAATAATTCAAAGAAATCAAGACAATAGCGATGTAAAGCACTAAGTTTAAATTGCGCGCCAATCATGGCGCGCACAAGCTATAATACCAACCTAATTTCTCCTCCTCTTAGAGTGACTATATCTCCTGATAGAATTGCGGTATTGACTATCAAATGCCCTGATTCGTTGTTTATTGTAATATCTCCTCTATCTGCAGACGATAACTTAAATG > NC_000913/2470333‑2470630 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |