| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,483,906 | T→A | 7.2% | I51N (ATT→AAT) | evgA → | DNA‑binding transcriptional activator EvgA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,483,906 | 0 | T | A | 7.2% | 291.8 / 10.1 | 97 | I51N (ATT→AAT) | evgA | DNA‑binding transcriptional activator EvgA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (41/49); new base A (3/4); total (44/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTGATGTCGATATCCCCGGAGTTAACGGTATCCAGGTGTTAGAAACGCTGAGGAAGCGCCAATATAGCGGAATTATTATTATCGTCTCCGCTAAAAATGACCATTTTTACGGGAAACATTGTGCTGATGCTGGCGCTAATGGTTTCGTG > NC_000913/2483757‑2484054 | gAACGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTcatcat < 1:909332/150‑1 (MQ=255) aaCGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCAtt < 1:157235/150‑1 (MQ=255) aCGCAATAATTATTGATGACCATCCTCTTGCTATCGCAGCAATTCGTAATTTATTGATCAAAAACGATATTGAAATCTTAGCAGAGTTGACTGAAGGCGGAAGTGCCGTTCAGCGGGTGGAAACACTTAAGCCTGATATCGTCATCATTg < 2:204460/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |