Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 304,800 | C→G | 5.6% | V136L (GTC→CTC) | ecpE ← | putative fimbrial chaperone EcpE |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 304,800 | 0 | C | G | 5.6% | 352.4 / 6.4 | 103 | V136L (GTC→CTC) | ecpE | putative fimbrial chaperone EcpE |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/46); new base G (4/2); total (55/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.83e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 104 total aligned reads displayed.
TCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTGGCG > NC_000913/304652‑304947 | tCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGAcc < 1:623706/150‑1 (MQ=255) cTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCAcgccgc < 2:707863/150‑1 (MQ=255) ttAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGtt < 1:895429/150‑1 (MQ=255) tAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtgg < 1:364412/150‑3 (MQ=255) aTCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGGCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTggg < 1:932805/150‑1 (MQ=255) cAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGtggtggt < 2:630839/150‑7 (MQ=255) tAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCg < 2:696928/150‑1 (MQ=255) gCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTc > 1:1374084/1‑150 (MQ=255) gCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTc > 1:766750/1‑150 (MQ=255) agccATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTa < 1:863400/148‑1 (MQ=255) aaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTa > 1:1563314/1‑150 (MQ=255) aaCCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTa < 2:810504/150‑1 (MQ=255) ccATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATg > 1:669174/1‑150 (MQ=255) 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tacttacCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCt > 2:517637/1‑150 (MQ=255) acttacCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTc > 1:1545604/1‑150 (MQ=255) acttacCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTc > 1:50339/1‑150 (MQ=255) acttacCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACAACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTc > 2:1128297/1‑150 (MQ=255) cttacCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTcg > 1:367936/1‑150 (MQ=255) 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acCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGa > 1:1223035/1‑150 (MQ=255) cGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGAcc < 1:1621495/142‑1 (MQ=255) cGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGAcc > 2:1621495/1‑142 (MQ=255) cGTTCCTGTCAACTTGTCGAAGGACAATTTAAACTGAAACTGAAGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCAATCACCACAACCGCCTCAGTGCAGACCACGACGCCGGGTGGGCTGAGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTAGCGaaa > 2:1486793/1‑150 (MQ=255) gTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAAt < 1:1477458/150‑1 (MQ=255) 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ccTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTTCGTCTTGTATGGTTACGACTGGGGACAAACCGAAATAAGAcacagt > 2:693054/1‑145 (MQ=255) ccTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGgt > 2:429169/1‑150 (MQ=255) ccTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCAGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGgt > 2:513207/1‑150 (MQ=255) cTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGgta < 2:1223035/150‑1 (MQ=255) tGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGgtagt > 1:1399069/1‑150 (MQ=255) tGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGgtagt > 1:1314540/1‑150 (MQ=255) tCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGACGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGtagtag < 2:1524230/150‑1 (MQ=255) cGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAgc > 1:1137575/1‑150 (MQ=255) cGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAgc > 2:79282/1‑150 (MQ=255) cGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAgc > 1:870575/1‑150 (MQ=255) 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gAATGGTATCCATCACCTCCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAAt < 2:134823/150‑1 (MQ=255) aTGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATAc < 1:905440/150‑1 (MQ=255) gTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTTGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCg < 2:855180/150‑1 (MQ=255) tCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCAc > 2:757798/1‑150 (MQ=255) accaccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCa > 2:132262/1‑150 (MQ=255) accaccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCa > 1:247082/1‑150 (MQ=255) accaccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCa > 2:1104924/1‑150 (MQ=255) gcccaaccGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAg > 2:1127445/6‑150 (MQ=255) ccaccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAg > 2:355510/1‑150 (MQ=255) ccaccaccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAg > 2:727909/1‑150 (MQ=255) accGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGc > 1:722610/1‑150 (MQ=255) ccGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCa > 1:958371/1‑150 (MQ=255) ccGGCGGCGTGGTCAGCACGGAGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCa > 2:1603832/1‑150 (MQ=255) cGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCaa < 1:355510/150‑1 (MQ=255) ggCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAAc < 1:1480406/150‑1 (MQ=255) gCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACg < 1:508707/150‑1 (MQ=255) gCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACg < 2:939805/150‑1 (MQ=255) ccGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCCCACCAGCCTGCAACGCCa < 1:280238/150‑1 (MQ=255) gTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGc < 1:1190526/150‑1 (MQ=255) tGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCt > 2:894885/1‑150 (MQ=255) gCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTg > 1:604283/1‑150 (MQ=255) gACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTGGCg < 1:76034/150‑1 (MQ=255) | TCACATCCTGGCTTAATCAGTAGCTTAAACCATGTGTTGCCAGTGTTACTTACCGTTCCTGTCACCTTGTCGAAGGACCATTTAAACTGAACCTGACGTGGTCGTACTACCAGAATGGTATCCATCACCACCACCGGCTCCGTGCTGACCACGCCGCCGGTTGGGCTGCGTCTTGTATGGTTACGAGTGGGGACCTCGCGAAATGAGACCCGGTAGTAGCGCTCGCGGTTATCCCGTGGACCATGATAGTAAAATTTAAAATACTCGCTCTCACCAGCCTGCAACGCCAGCTGGCG > NC_000913/304652‑304947 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |