| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,533,417 | T→A | 7.5% | intergenic (+37/‑347) | cysK → / → ptsH | O‑acetylserine sulfhydrylase A/phosphocarrier protein HPr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,533,417 | 0 | T | A | 7.5% | 278.0 / 10.4 | 93 | intergenic (+37/‑347) | cysK/ptsH | O‑acetylserine sulfhydrylase A/phosphocarrier protein HPr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/43); new base A (4/3); total (47/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
ATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTT > NC_000913/2533268‑2533565 | aTGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCtttt > 2:1440237/1‑150 (MQ=255) gAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa < 2:1183080/150‑1 (MQ=255) gAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa < 2:1511486/150‑1 (MQ=255) aaGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAgg < 2:685932/150‑1 (MQ=255) tACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑ttt > 2:814232/1‑150 (MQ=255) caacaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCGGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑tttttt > 2:455796/1‑150 (MQ=255) caacaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑tttttt > 1:58283/1‑150 (MQ=255) caacaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTAAAAAGGTGC‑tttttt < 2:1030797/150‑1 (MQ=255) aacaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTtg > 1:327466/1‑150 (MQ=255) aacaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTtg < 2:1499788/150‑1 (MQ=255) aacaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTAAAAAGGTGC‑tttttta < 2:954675/150‑2 (MQ=255) aacaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTCAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTtg < 1:1147587/150‑1 (MQ=255) acaaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTAAAAAGGTGC‑ttttttac < 1:911278/150‑3 (MQ=255) aaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTgg < 2:1609660/150‑1 (MQ=255) aaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTgg < 2:202742/150‑1 (MQ=255) aaGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTgg < 2:327747/150‑1 (MQ=255) aGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGc > 2:66172/1‑150 (MQ=255) aaTATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCt < 2:1075989/150‑1 (MQ=255) 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ATGAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTT > NC_000913/2533268‑2533565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |