| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,533,418 | T→A | 7.5% | intergenic (+38/‑346) | cysK → / → ptsH | O‑acetylserine sulfhydrylase A/phosphocarrier protein HPr |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,533,418 | 0 | T | A | 7.5% | 278.3 / 9.9 | 93 | intergenic (+38/‑346) | cysK/ptsH | O‑acetylserine sulfhydrylase A/phosphocarrier protein HPr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (43/43); new base A (4/3); total (47/46) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.18e-01 | |||||||||||
GAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGG > NC_000913/2533270‑2533567 | gAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa < 2:1511486/150‑1 (MQ=255)gAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTa < 2:1183080/150‑1 (MQ=255) aaGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAgg < 2:685932/150‑1 (MQ=255) 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caaaaaaGCACCTAAAAAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCACTCCTGGCATTGATTAAGCCTGTCGGAACTGGAATTTGACCAGACTAATTATTTTGATCCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAAt > 1:773108/2‑150 (MQ=255) caaaaaaGCACCTAAAAAGCTGC‑ATTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATAGATTCAGCCTCTAGGAAATCGTATTTAACCAGACTAAATATTTTGATAAGCGAAATAAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGaaa > 2:1445564/2‑149 (MQ=255) aaaaaaGCACCTCTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATc > 1:533214/1‑150 (MQ=255) aaaGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGAGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGAt > 2:1320514/1‑150 (MQ=255) aaaGCACCTAAAAAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGTCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGAGCGAAATTAATCTTTACACGAAAAGCAAAAGATGAAtacat > 2:716036/1‑146 (MQ=255) 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ttttAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGAtt > 2:1397782/1‑150 (MQ=255) tttAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGAttt < 1:417025/150‑1 (MQ=255) tttAGCTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTTGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGTGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGAttt < 1:1046455/150‑1 (MQ=255) tAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTgg < 1:1152648/150‑1 (MQ=255) | GAAAGCTTTACCAACAAGAATATTGTGGTTATTCTACCATCATCGGGTGAGCGTTATTTAAGCACCGCATTGTTTGCCGATCTCTTCACTGAGAAAGAATTGCAACAGTAATGCCAGCTTGTTAAAAATGCGTAAAAAAGCACCTTTTTAGGTGC‑TTTTTTGTGGCCTGCTTCAAACTTTCGCCCCTCCTGGCATTGATTCAGCCTGTCGGAACTGGTATTTAACCAGACTAATTATTTTGATGCGCGAAATTAATCGTTACAGGAAAAGCCAAAGCTGAATCGATTTTATGATTTGG > NC_000913/2533270‑2533567 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |