| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,585,760 | T→A | 5.3% | S10R (AGT→AGA) | narQ → | sensory histidine kinase NarQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,585,760 | 0 | T | A | 5.3% | 309.1 / 4.9 | 105 | S10R (AGT→AGA) | narQ | sensory histidine kinase NarQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/51); new base A (2/4); total (50/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.30e-01 | |||||||||||
Only 100 of 106 total aligned reads displayed.
ATGTGCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTGGGCTACGA > NC_000913/2585611‑2585906 | aTGTGCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGt < 2:841464/150‑1 (MQ=255) tgtgCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTc > 1:1255372/1‑150 (MQ=255) tgtgCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTc < 2:1161474/150‑1 (MQ=255) 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aGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCtt > 2:449414/1‑150 (MQ=255) aaCTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCttttt < 1:217853/150‑1 (MQ=255) aaCTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCttttt < 2:360336/150‑1 (MQ=255) aaCTATTTCGCTATAAACTCTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCttttt < 2:409358/150‑1 (MQ=255) cTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCttttttt < 1:931277/150‑1 (MQ=255) 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tCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTTGATTCTTTCCACGGGTa < 2:891156/150‑1 (MQ=255) cccATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTAt > 1:273812/1‑150 (MQ=255) ccATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATc < 2:813515/150‑1 (MQ=255) aTCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGc < 1:729960/150‑1 (MQ=255) cACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGctc > 2:311560/1‑150 (MQ=255) 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tctcGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTgg < 1:568031/150‑1 (MQ=255) tctcGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTgg < 2:1540845/150‑1 (MQ=255) gctcGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTgg < 1:1616617/149‑1 (MQ=255) ctcGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTggg < 1:309420/150‑1 (MQ=255) tcGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTGGGc < 2:1029150/150‑1 (MQ=255) cGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGACGATATCAATATTACCGGATCGCTGCTTATGCACAGTTACCGCCTGGGCt > 2:716787/1‑150 (MQ=255) gCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTGGGCTAc > 1:845165/1‑150 (MQ=255) ccAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTGGGCTACg < 1:1580738/150‑1 (MQ=255) ccAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTGGGCTACg > 1:1393049/1‑150 (MQ=255) cAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTGGGCTACGa > 1:99603/1‑150 (MQ=255) | ATGTGCCCAGAATAAGTAACTATTTCGCTATAAACTGTGGCAGATCAAATAATCCCATCACTGACTAAATTGCGTTTCAGCGAACTGGAACATTAATGATTTTTTGTGGAGAAGACGCGTGTGATTGTTAAACGACCCGTCTCGGCCAGTCTGGCCCGGGCCTTTTTTTACATTGTGCTGCTGTCGATTCTTTCCACGGGTATCGCTCTGCTAACTCTGGCGAGCAGTTTGCGCGACGCTGAGGCTATCAATATTGCCGGATCGCTGCGTATGCAGAGTTACCGCCTGGGCTACGA > NC_000913/2585611‑2585906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |