| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,597,699 | G→T | 5.8% | intergenic (‑81/+132) | purC ← / ← bamC | phosphoribosylaminoimidazole‑succinocarboxamide synthase/outer membrane protein assembly factor BamC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,597,699 | 0 | G | T | 5.8% | 407.7 / 8.4 | 120 | intergenic (‑81/+132) | purC/bamC | phosphoribosylaminoimidazole‑succinocarboxamide synthase/outer membrane protein assembly factor BamC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (62/51); new base T (5/2); total (67/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GGTCCGGGTTTTCCGTGCTGTATACGGTTTTCGCTTTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGCGTATCATATCAGAAAAAAGGGCCGGATGATTCCAGCCCTGTATTTTTACTTGCTAAACGCAG > NC_000913/2597552‑2597847 | ggTCCGGGTTTTCCGTGCTGTATACGGTTTTCGCTTTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGaa > 2:886045/1‑150 (MQ=255) gTCCGGGTTTTCCGTGCTGTATACGGTTTTCGCTTTACCACGATACAACACAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAAc > 2:736856/1‑150 (MQ=255) tCCGGGTTTTCCGTGCTGTATACGGTTTTCGCTTTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACg > 2:743244/1‑150 (MQ=255) 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tGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGACTTCCCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGCGTATCATATCAGAAAAAAGGGCCGGATGATTCCAGCCCTGTATTTTTACTTGCTa < 2:733724/150‑1 (MQ=255) tGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGTCAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGCGTATCATATCAGAAAAAAGGGCCGGATGATTCCAGCCCTGTATTTTTACTTGCTAAACGCAg < 1:1214840/150‑1 (MQ=255) | GGTCCGGGTTTTCCGTGCTGTATACGGTTTTCGCTTTACCACGATACAACTCAGCTTGCTTTTGCATCTTTATCACTCCTGGGTGTGAATTAACGTTTTAAAATCTTTTGCTGTCTGGTGTGCCGGATGTTTTGTCGGATGCGGCGTGAACGCCTTATCCGAACTACGTCCGACAAACAAATTTCGTGCGAATTACCGCTAAAATCGCGTTTTCCTGCAGACGCACACGTTTGCGTATCATATCAGAAAAAAGGGCCGGATGATTCCAGCCCTGTATTTTTACTTGCTAAACGCAG > NC_000913/2597552‑2597847 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |