Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,757,421 | T→G | 8.5% | intergenic (+21/+223) | intA → / ← yfjH | CP4‑57 prophage; integrase/CP4‑57 prophage; protein YfjH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,757,421 | 0 | T | G | 8.5% | 341.8 / 19.1 | 116 | intergenic (+21/+223) | intA/yfjH | CP4‑57 prophage; integrase/CP4‑57 prophage; protein YfjH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (53/53); new base G (5/5); total (58/58) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
CTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCAA > NC_000913/2757273‑2757570 | cTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctctc > 2:1416657/1‑150 (MQ=255) ttATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGctctct > 1:629123/1‑150 (MQ=255) ataACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGAAGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGAAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTTAGAAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCACAGCTCTCTgg > 2:535723/1‑150 (MQ=255) taACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTCTggg > 2:353385/1‑150 (MQ=255) taACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATAATTATCAGCCCAGCTCTCTggg > 2:16345/1‑150 (MQ=255) cGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGAGAGCTGGGCTGa < 1:700464/150‑1 (MQ=255) gCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGGGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGat > 1:249909/1‑150 (MQ=255) gCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGAGAGCTGGGCTGat < 1:356501/150‑1 (MQ=255) 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aaaTATTTATCAGCCAAGCTATCTGGGCTTATATTTATAAAAGATCGAACTAAATAGCTACGCGTAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGAAATTAGGCAAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCtgt > 2:1476467/1‑150 (MQ=255) atatTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTgg > 2:394156/1‑150 (MQ=255) tatTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTggg > 2:304796/1‑150 (MQ=255) gaaatATCAGCCCAGAGAGCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTggg > 2:1447643/5‑150 (MQ=255) atTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTgggg < 1:805018/150‑1 (MQ=255) 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cAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGc < 1:1578818/150‑1 (MQ=255) cAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTCCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGc > 2:573895/1‑150 (MQ=255) gCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTc < 2:802814/150‑1 (MQ=255) gCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTc > 2:1121481/1‑150 (MQ=255) gCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCtttt < 1:79931/150‑1 (MQ=255) gCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCtttt < 2:654833/150‑1 (MQ=255) ctctctGGGCTGATATTTCTAAAATATCTCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGATCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGAAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTg < 2:1081404/150‑1 (MQ=255) ctctctGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTg < 1:996807/150‑1 (MQ=255) ctctGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCt > 2:395574/1‑141 (MQ=255) ctctGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCt < 1:395574/141‑1 (MQ=255) ctctGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCa > 1:1361236/1‑150 (MQ=255) tctGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCaa < 1:273448/150‑1 (MQ=255) | CTTATAACCGCAGTGATTATCTTGAGCAACGTCGTCCGATGATGCAATGGTGGGCTGATCTCGTAAAAGCAGCAGATAGTGGTAGCATCGTTTTAACTCATTTGAGCAAAATTCGTCTTGTCGGATAAAATATTTATCAGCCCAGCTCTCTGGGCTGATATTTCTAAAAGATCGCACTAAATAGCTACGCGGAATAGTGCTCTACTTTCGTTTAGCCCTTTCAGAGGTAAGACATTAGGGCAATTTCACTGTATGACTGCGCAGTCATCGAGTCTGTGGGGTGTTGCTCCTTTTGCAA > NC_000913/2757273‑2757570 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |