Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 2,866,944 | T→G | 7.6% | D203A (GAT→GCT) | rpoS ← | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,866,944 | 0 | T | G | 7.6% | 353.9 / 14.5 | 116 | D203A (GAT→GCT) | rpoS | RNA polymerase, sigma S (sigma 38) factor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/59); new base G (3/6); total (51/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.29e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 116 total aligned reads displayed.
GCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAAT > NC_000913/2866801‑2867092 | gCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGtt < 1:154066/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGtt < 2:1303977/150‑1 (MQ=255) gCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGtt > 2:83080/1‑150 (MQ=255) cGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTg < 2:967474/150‑1 (MQ=255) tGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgat < 1:943130/150‑3 (MQ=255) gggTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgat < 2:82122/149‑3 (MQ=255) ggTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGctc > 2:407731/1‑150 (MQ=255) gTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgatga < 1:862010/150‑5 (MQ=255) gTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgatga < 1:1367747/150‑5 (MQ=255) gTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgatga < 2:1631630/150‑5 (MQ=255) tATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTg > 1:76705/1‑150 (MQ=255) aTCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGc > 2:635363/1‑150 (MQ=255) aTCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGATAAGCCAGTTgatgacg < 1:730913/150‑7 (MQ=255) ggACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATctct > 1:709669/1‑150 (MQ=255) gTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGc > 1:1063844/1‑150 (MQ=255) ttCTCTTTTTCATAGTCCAGGATGTCCAGCAACTCTTTTTCGGAATCACCACGCAGGGGGTTGTCTACCGAGGTAATGCTCTCTTTAAGACGAAGCATACGGCTGTCGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTGTGCGATCTCTTCCGCa < 2:682645/150‑1 (MQ=255) tctcTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCAc > 2:762497/1‑150 (MQ=255) ctctTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACt > 1:1161528/1‑150 (MQ=255) ctTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGAtc > 2:1193423/1‑137 (MQ=255) ctTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGAtc < 1:1193423/137‑1 (MQ=255) ctTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTg > 1:732084/1‑150 (MQ=255) ttttCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGt < 2:373610/150‑1 (MQ=255) ttttCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGt > 2:5112/1‑150 (MQ=255) 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2:1139074/150‑1 (MQ=255) tACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACggg > 1:1297219/1‑150 (MQ=255) cGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGtt > 1:198722/1‑150 (MQ=255) cGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGtt < 2:1284257/150‑1 (MQ=255) ggCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTCCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGttt < 1:613843/150‑1 (MQ=255) cTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTgg < 1:330129/150‑1 (MQ=255) tGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGt < 2:650944/150‑1 (MQ=255) gACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGtt < 2:611801/150‑1 (MQ=255) cGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCa < 1:1198561/150‑1 (MQ=255) gTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCAt > 1:50316/1‑150 (MQ=255) gTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCAt > 2:943697/1‑150 (MQ=255) cagagcaACTGGATAAGCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGACAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCAt > 1:392754/6‑150 (MQ=255) cagagcaACTGGATAAGCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTCGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCAt > 1:499692/6‑150 (MQ=255) tcatcaACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGtt < 1:1411333/141‑1 (MQ=255) tcatcaACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGtt > 2:1411333/1‑141 (MQ=255) gagcaACTGGATAAGCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATaa > 1:1595518/4‑150 (MQ=255) tGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCg < 2:1161528/150‑1 (MQ=255) ggCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGt > 2:353415/1‑150 (MQ=255) tATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCaa < 1:635363/150‑1 (MQ=255) aTCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAAt < 1:368813/150‑1 (MQ=255) | GCGTGGTATCTTCCGGACCGTTCTCTTTTTCATCGGCCAGGATGTCCAGCAACGCTTTTTCGGAATCACCACCCAGCGGGGTGTCTACCGAGGTAATGCGCTCGTTAAGACGAAGCATACGGCTGACGTCATCAACTGGCTTATCCAGTTGCTCTGCGATCTCTTCCGCACTTGGTTCATGGTCCAGCTTATGGGACAACTCACGTGCGGTTCGCAGGTAAACGTTCAGCTCCTTTACGATGTGAATCGGCAAACGAATAGTACGGGTTTGGTTCATAATCGCCCGTTCAAT > NC_000913/2866801‑2867092 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |