| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,889,691 | G→C | 6.4% | L137V (CTG→GTG) | cysI ← | sulfite reductase, hemoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,889,691 | 0 | G | C | 6.4% | 314.1 / 9.6 | 93 | L137V (CTG→GTG) | cysI | sulfite reductase, hemoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (48/39); new base C (3/3); total (51/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.36e-01 | |||||||||||
GCGGGTACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCC > NC_000913/2889542‑2889839 | gcgGGTACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTgcag < 2:820738/150‑1 (MQ=255) gTACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTAGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTACCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATc > 2:1232605/1‑150 (MQ=255) tACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCTCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCt < 1:781383/150‑1 (MQ=255) aGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTg > 1:544667/1‑150 (MQ=255) aGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTg < 1:309578/150‑1 (MQ=255) gCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGAAGCTGCGACTAGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGTTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCa > 2:742302/1‑150 (MQ=255) aaCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAc‑c < 2:17016/150‑1 (MQ=255) aCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑Cg < 1:586560/150‑1 (MQ=255) aCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCACCAGATGCTGCActc < 2:797114/150‑3 (MQ=255) cAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCACCAGATGCTGCActcg < 2:1232534/150‑4 (MQ=255) gATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGtt < 1:264472/150‑1 (MQ=255) gATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCACCAGATGCTGCActcggt < 1:1123856/150‑6 (MQ=255) gATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCACCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGtt > 1:1155865/1‑150 (MQ=255) tGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTg < 1:740215/150‑1 (MQ=255) tCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCGGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTGGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACg < 1:603551/150‑1 (MQ=255) tCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACg < 2:943280/150‑1 (MQ=255) tCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACg > 1:1361664/1‑150 (MQ=255) tCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACg < 1:1188861/150‑1 (MQ=255) 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2:1446668/1‑150 (MQ=255) accgaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTAAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATc > 2:170659/1‑150 (MQ=255) aaccggTGCACCAGATGCTGCACTCGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAAt > 1:1196005/6‑150 (MQ=255) aaccggTGCACCAGATGCTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATc > 2:1223728/6‑150 (MQ=255) ccggTGCACCAGATGCTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcac > 1:691052/4‑150 (MQ=255) gaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCTAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcacc < 1:83422/150‑1 (MQ=255) 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GCGGGTACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCC > NC_000913/2889542‑2889839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |