| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,889,695 | C→A | 6.2% | Q135H (CAG→CAT) | cysI ← | sulfite reductase, hemoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,889,695 | 0 | C | A | 6.2% | 323.2 / 7.7 | 96 | Q135H (CAG→CAT) | cysI | sulfite reductase, hemoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (49/41); new base A (3/3); total (52/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.62e-01 | |||||||||||
GTACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCGG > NC_000913/2889546‑2889841 | gTACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTAGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTACCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATc > 2:1232605/1‑150 (MQ=255) tACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCTCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCt < 1:781383/150‑1 (MQ=255) aGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTg > 1:544667/1‑150 (MQ=255) aGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTg < 1:309578/150‑1 (MQ=255) gCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGAAGCTGCGACTAGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGTTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCa > 2:742302/1‑150 (MQ=255) aaCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAc‑c < 2:17016/150‑1 (MQ=255) aCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑Cg < 1:586560/150‑1 (MQ=255) aCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCACCAGATGCTGCActc < 2:797114/150‑3 (MQ=255) 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gcATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGt > 2:802744/1‑150 (MQ=255) tCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCa > 2:868074/1‑102 (MQ=255) tCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCa < 1:868074/102‑1 (MQ=255) tCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTa > 1:731131/1‑150 (MQ=255) tCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTa > 2:361840/1‑150 (MQ=255) aaGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGt > 2:1505113/1‑150 (MQ=255) 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2:170659/1‑150 (MQ=255) aaccggTGCACCAGATGCTGCACTCGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAAt > 1:1196005/6‑150 (MQ=255) aaccggTGCACCAGATGCTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATc > 2:1223728/6‑150 (MQ=255) ccggTGCACCAGATGCTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcac > 1:691052/4‑150 (MQ=255) gaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCTAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcacc < 1:83422/150‑1 (MQ=255) gaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcacc > 1:315656/1‑150 (MQ=255) 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caTCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCgg < 1:408762/150‑1 (MQ=255) | GTACGAGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCGG > NC_000913/2889546‑2889841 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |