| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,889,698 | G→C | 6.3% | H134Q (CAC→CAG) | cysI ← | sulfite reductase, hemoprotein subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,889,698 | 0 | G | C | 6.3% | 318.2 / 9.5 | 96 | H134Q (CAC→CAG) | cysI | sulfite reductase, hemoprotein subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/41); new base C (3/3); total (52/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.70e-01 | |||||||||||
AGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCGGCAGA > NC_000913/2889551‑2889845 | aGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTg > 1:544667/1‑150 (MQ=255)aGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTg < 1:309578/150‑1 (MQ=255) gCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGAAGCTGCGACTAGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGTTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCa > 2:742302/1‑150 (MQ=255) aaCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAc‑c < 2:17016/150‑1 (MQ=255) aCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑Cg < 1:586560/150‑1 (MQ=255) aCAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCACCAGATGCTGCActc < 2:797114/150‑3 (MQ=255) cAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCACCAGATGCTGCActcg < 2:1232534/150‑4 (MQ=255) gATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGtt < 1:264472/150‑1 (MQ=255) gATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCACCAGATGCTGCActcggt < 1:1123856/150‑6 (MQ=255) gATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCACCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGtt > 1:1155865/1‑150 (MQ=255) tGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTg < 1:740215/150‑1 (MQ=255) tCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCGGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTGGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACg < 1:603551/150‑1 (MQ=255) tCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACg < 1:1188861/150‑1 (MQ=255) 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1:631845/150‑1 (MQ=255) cGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGCGTGCAGCATCTGGTGCCC‑CGGGTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGa > 1:311746/1‑150 (MQ=255) gTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGaa < 2:132834/150‑1 (MQ=255) tCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAAc > 2:408762/1‑150 (MQ=255) ccGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACg > 2:628487/1‑150 (MQ=255) tGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTgg > 2:1145860/1‑150 (MQ=255) 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tCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTa > 2:361840/1‑150 (MQ=255) tCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTa > 1:731131/1‑150 (MQ=255) aaGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGt > 2:1505113/1‑150 (MQ=255) aaGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGt < 1:1145860/150‑1 (MQ=255) gaccgaccGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTgg < 2:1181846/150‑1 (MQ=255) ccgaccgaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTc < 1:834220/125‑1 (MQ=255) ccgaccgaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTc > 2:834220/1‑125 (MQ=255) cgaccgaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTaa > 2:1446668/1‑150 (MQ=255) accgaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTAAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATc > 2:170659/1‑150 (MQ=255) aaccggTGCACCAGATGCTGCACTCGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAAt > 1:1196005/6‑150 (MQ=255) aaccggTGCACCAGATGCTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATc > 2:1223728/6‑150 (MQ=255) ccggTGCACCAGATGCTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcac > 1:691052/4‑150 (MQ=255) gaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCTAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcacc < 1:83422/150‑1 (MQ=255) gaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcacc > 1:557615/1‑150 (MQ=255) gaGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcacc > 1:315656/1‑150 (MQ=255) tGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcacccca > 2:108772/1‑150 (MQ=255) cagcaTCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcaccccacc < 2:315656/150‑1 (MQ=255) agcaTCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATcaccccaccc > 1:444475/1‑150 (MQ=255) caTCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCgg > 1:1162311/1‑150 (MQ=255) caTCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCgg < 1:408762/150‑1 (MQ=255) tGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCGGCAga < 1:50082/150‑1 (MQ=255) | AGGCAACAGATGCTCAGAAATCTTCTTCGCCCACTCGTACGCTTCCGCGTGCAGCTGCGACTCGTAAGGGTTCGAGGTGCAGAGTACGTTACGGTTCATGTCGTTAGCTGTCGCCAGCGCATCAAGACCGACCGAGTGCAGCATCTGGTGCAC‑CGGTTTGACGTTCTTTTTCAGAATGCCGTGGAACTGAAACGTCTGGCGGTTGGTCAGGCGAATGCTGCCATAGATGGTGTTTTCACCGGCAAATTTGTCGATCGCCTGCCACTGTTTAGTGGTAATCACCCCACCCGGCAGA > NC_000913/2889551‑2889845 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |