| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,923,970 | C→G | 9.0% | L48L (CTG→CTC) | yqcC ← | DUF446 domain‑containing protein YqcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,923,970 | 0 | C | G | 9.0% | 236.8 / 13.0 | 78 | L48L (CTG→CTC) | yqcC | DUF446 domain‑containing protein YqcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (42/28); new base G (4/3); total (46/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.92e-01 | |||||||||||
TCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTGGTCATAAAGCA > NC_000913/2923827‑2924119 | tCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGt > 1:1164408/1‑150 (MQ=255) cAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGGAACCACTCCAGTGGTTCCAt < 2:746647/150‑1 (MQ=255) cAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCAt < 2:129371/150‑1 (MQ=255) aGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTGGAGTGGTTGCagt < 2:9465/150‑3 (MQ=255) aGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATg < 1:215610/150‑1 (MQ=255) aGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGCCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATg < 1:249348/150‑1 (MQ=255) gAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTAATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATgg > 2:1072659/1‑150 (MQ=255) aTAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTGGAGTGGTTGCagtggg < 1:734473/150‑6 (MQ=255) tAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGgtgt > 2:1599074/1‑150 (MQ=255) aGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTcc > 1:1609596/1‑150 (MQ=255) gcgcgcGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCa > 1:1630240/1‑150 (MQ=255) gcgcgcGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGAAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTGCATGGTGTCCa < 1:1600107/150‑1 (MQ=255) cgcgcgTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCAt < 2:1436465/150‑1 (MQ=255) cgcgTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATaa > 2:1613272/1‑150 (MQ=255) gcgTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATaaa < 1:1599074/150‑1 (MQ=255) gcgTTGCGGATGGTCCATCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATaaa < 2:859872/150‑1 (MQ=255) gCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACg > 2:1280683/1‑150 (MQ=255) cGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCAAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACgg < 2:886383/150‑1 (MQ=255) 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ggCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGc > 1:765430/1‑150 (MQ=255) ggCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGc < 2:642564/150‑1 (MQ=255) ggCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGc < 1:1555394/150‑1 (MQ=255) gCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGGTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGcg > 2:1472745/1‑149 (MQ=255) ttgttATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAAc > 2:123918/1‑150 (MQ=255) ttgtaATCTAACAAATAGTGCATTCGCGGGATCACCACACACTGCAAACACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGTGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAAc > 2:1430054/1‑150 (MQ=255) tgttATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACg > 2:376776/1‑150 (MQ=255) tgtATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGc > 2:1153904/3‑150 (MQ=255) gttATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGc > 2:1621896/1‑150 (MQ=255) aTCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTc > 2:883599/1‑150 (MQ=255) cTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCaa > 1:1621195/1‑150 (MQ=255) tAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAg > 1:1047159/1‑150 (MQ=255) tAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCA‑CCACTGCAACAACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAAAGGTTGGGTACTATTATATTTAAGCGGCTGGGGTTCATCCTTTCGCCAGTGCTGATGTAAACGCATTAACGcataaaaa > 2:694426/1‑143 (MQ=255) aTCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTg < 1:204942/150‑1 (MQ=255) aTCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTg > 1:1129011/1‑150 (MQ=255) 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cAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTGGTCATAAAGCa > 2:1419301/1‑150 (MQ=255) | TCAGCCAGAATAAGCGCGCGTTGCGGATGGTCCGTCGCCAGCGCCATTTCATAATAGGGTGCAACGGCAAAAGCGCCCGGTAACGGCTGTTTGTTATCTAACAAATCGTGCATTCGCGGGATCAGCACCCACTGCAACCACTCCAGTGGTTCCATGGTGTCCATAAAGAACGGTTGGGTACTATTAAATTGATGCGGCTGGGGTTCATCGTTTCGCCAGTGCTGATGTTCACGCAGTAACGCTTCAAGCGCCTGCAACTGGAGACGAACGCGGTCATGAGTGGTCATAAAGCA > NC_000913/2923827‑2924119 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |