Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_000913 | 2,987,103 | C→T | 11.9% | intergenic (+27/‑433) | yqeG → / → yqeH | putative transporter YqeG/putative LuxR family transcriptional regulator YqeH |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 2,987,103 | 0 | C | T | 11.9% | 557.9 / 46.7 | 201 | intergenic (+27/‑433) | yqeG/yqeH | putative transporter YqeG/putative LuxR family transcriptional regulator YqeH |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (111/65); new base T (18/6); total (129/72) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.63e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.95e-01 |
Only 100 of 211 total aligned reads displayed.
CTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTT > NC_000913/2986954‑2987252 | cTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGc > 2:664256/1‑150 (MQ=255) catcatGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACaa > 1:484910/1‑150 (MQ=255) cTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGTAGCAATTTTGAAc < 1:388591/150‑1 (MQ=255) cTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGTAGCAATTTTGAAc < 1:1271810/150‑1 (MQ=255) cTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGAATGGTTCAAAATTGTAGCAATTTTGAAc < 1:167623/150‑1 (MQ=255) tGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGTTATCCTGTGATTATCGGTAATGTTATTTAGGTAATATGAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGTTACAATTTTGTAcgtttcc < 2:943528/150‑1 (MQ=255) tGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAAccattcc < 2:908234/150‑1 (MQ=255) tGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAAccattcc < 2:1466616/150‑1 (MQ=255) 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cAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATg > 2:875474/1‑150 (MQ=255) aaaaTTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGc > 1:27247/1‑150 (MQ=255) aaaTTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCa > 2:642479/1‑150 (MQ=255) aTTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTTATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATa < 2:251909/150‑1 (MQ=255) aTTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATa < 1:509968/150‑1 (MQ=255) 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CTTTTCATCATGCCTACGCTGTCAACGTATCTCATCCCGGCGCTTAAACCCTGGCGTTCCATCGGAAATCTGATTACGCTGATCGTGGGTATCCTGTGCGTATCGGTAATGTTCTTTAGCTAATATCAGTTGTGGATGGTTCAAAATTGCTACAATTTTGAACCATTCCATTTTTCATAATATTCATTTGTTATTATTCCACCCTATCACTTCTCTCGTCATATCCTAGTATTATCAGTTAGTTAAACACACAAAGAGATCTGAACATCTTAAATAAGACTATTTAAGATGCATAACTT > NC_000913/2986954‑2987252 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |